第三方支付的安全问题主要有5种：各方身份认证的信用问题、银行业务的安全问题、安全保障技术的风险问题、应用系统的安全问题、第三方支付公司的监管问题。

（1）各方身份认证的信用问题。相互不了解的人在交易中的诚信问题在网络交易中显得尤为突出。第三方支付的信用问题包含交易双方的诚信和第三方支付系统的真实性问题。

（2）银行业务的安全问题。若利用信用卡进行套现，有第三方支付的“转接”就可以轻松完成。还有一些第三方支付工具具有资金收付功能，更可成为洗钱的工具。另外，在网上支付中，第三方支付系统作为资金的管家，买方将款项转到第三方支付系统，第三方支付系统须等待买方通知后才能将款项转到卖方账户中，在这一等待过程中，会形成第三方支付系统中的资金沉淀。

（3）安全保障技术的风险问题。第三方支付系统提供的在线支付服务，若没有起到有效的“管理”作用，那么交易就无法完成。

（4）应用系统的安全问题。关键数据的存储和重要数据的传输过程是用户关注的焦点。第三方支付系统拥有庞大的用户数据，如用户密码、个人档案、交易记录等，这些数据都涉及用户的信息安全，如没有相应的风险防范手段，将是极其危险的。在设计程序时，应预防网络中断、停电等意外情况，对程序进行精心的容错设计，避免用户操作、处理错误时系统崩溃，应准确、及时地给出错误及后续操作提示。

（5）第三方支付公司的监管问题。目前，国内的第三方支付企业不是金融机构，是有限责任公司的性质，一旦出现公司破产等情形，将可能导致其他企业的资金链出现问题。对第三方支付的监管配套法规制度不完善，使得监管执法无法到位。因此，这方面立法的滞后，给规范和管理市场、保护各方合法权益带来了一定的困难。


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