2016年，随着《海关稽査条例》的第二次修订，海关主动披露制度正式建立，即与进出口货物直接有关的企业、单位主动向海关报告其违反海关监管规定的行为并接受海关处理的，应当从轻或者减轻行政处罚。
企业主动披露制度是指在海关发现之前，与进出口货物有关的企业、单位自查发现其进出口活动存在少缴、漏缴税款或者违反海关规定的情形，海关可以依法从轻、减轻或不予处罚的一种管理方式。
自2009年起，我国海关已开始探索实施“自查自报”“企业自律”等企业管理方式，主动披露制度初现雏形。2014年5月，海关总署印发《海关总署关于开展企业自律管理试点及课题研究工作的通知》，为后续引入主动披露制度奠定了基础。
2015年，海关总署稽查司下发通知开展深化主动披露试点及课题研究工作，主动披露制度作为海关总署支持粤津闽新设自贸试验区建设的措施开始试行。
2016年，修订后的《海关稽查条例》《〈海关稽查条例〉实施办法》先后颁布，成为海关主动披露制度的法律渊源，确定了其基本内涵。
2019年10月，海关总署发布2019年第161号公告《关于处理主动披露涉税违规行为有关事项的公告》，对企业主动披露的满足一定条件的涉税违规行为不再予以行政处罚。
2022年6月30日，海关总署发布2022年第54号公告，明确了关于处理主动披露涉税违规行为有关规定(该公告有效期自2022年7月1日起至2023年12月31日。海关总署2019年第161号公告同时废止)。
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