海关稽核查旨在落实“由企及物”理念，立足于以企业为监管单元，结合“事前、事中、事后”监管时空划分标准，明确职责，划分事权，实现错位监管、协同监管。对现场通关监管、行邮渠道进出境货物、物品监管等事中监管环节，海关其他部门行使查验、检查即能达到监管目的，明显带有“以货物为监管单元”特征的，无须再通过实施事后核查去验证。稽查部门的核查与海关其他实施行政检查的部门应加强合作，着重建立行之有效的联系配合机制，以拓宽企业信息的获取渠道，提升海关的监管效能。
1.核查与稽查的关系
核查与稽查均由海关稽查部门负责实施，都是海关后续监管方式的重要组成部分，工作方式和手段类似，两者之间存在着一定的互补和递进关系，各有侧重和分工。
一是依据的上位法范围不同。在关检融合的大背景下，核查依据的上位法有《海关法》《中华人民共和国进出口商品检验法》《中华人民共和国国境卫生检疫法》等诸多法律，核查依据的上位法多于稽查。
二是职责范围不同。与杳单一的进出口通关后续监管职能相比，核查的适用范围涵盖进出口通关、动植物检疫、商品检验和食品安全等海关监管领域的后续监管环节，职责范围、适用对象更广。
三是适用的检查事项不同。核查主要是针对海关后续监管环节的某个风险点开展工作，主要适用于海关各部门提出的核查作业指令需求，需求具备程序简易、时效短等特点。稽查则更侧重于整体性的检查，适用于扩大线索和时限范围的全面检查事项。
总体来讲，稽查主要定位于对行政管理对象实施的整体业务的行政检查，核查主要定位于对行政管理对象实施的单项业务或其相关环节的行政检查，两者均是海关稽查部门行使行政权力的具体行政行为，通过核查发现的违规线索可以转交开展稽查进行深人挖掘，形成由点及面的监管网络，两者相辅相成。
2.核查与侦查之间的关系
核查与侦查关系密切，又有质的区别，二者业务上有一定的延续性。海关稽查部门将通过核查发现的涉嫌违规和走私行为，作为线索移交缉私部门。缉私部门在接收到线索后开展案件初查，判别行为的性质是违法行为还是犯罪行为，并对涉嫌犯罪的进行侦查。侦查是为查明案情，收集犯罪证据材料，证实和抓获犯罪嫌疑人，追究刑事嫌疑人刑事责任，依据《刑法》《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定采取的一系列专门调查手段和强制措施。
从法律属性上看，侦查具有搜查、冻结存款等强制手段，强制力明显强于海关核查。从海关行政执法的角度来看，海关核查属于前期走私违规线索的收集阶段，侦查是对刑事案件开展的特定活动，对象为刑事犯罪案件，是刑事诉讼过程的重要内容和基础环节。
