出口退税过程中，还会涉及补税的问题，这主要是由于出口货物被退运、出口货物转内销或其他原因导致的。当补税业务发生时，外贸人员需要懂得怎样处理。
出口货物视同内销导致的补税是最常见的补税原因之一，补税需要使用《增值税纳税申报表》进行申报，并根据不同的视同内销原因提交资料。
（1）出口货物逾期未申报。属于退税机关向出口企业发送《出口货物逾期未申报补税通知书》的，同时报送通知书和《增值税补充申报附报资料》《出口货物补征增值税附报资料》；属于出口企业自行补充申报的，同时报送《增值税补充申报附报资料》。
（2）其他视同内销。出口企业凭退税管理部门出具的《出口货物补税通知书》向所属征税机关申报纳税，同时报送《出口货物补征增值税附报资料》《增值税补充申报附报资料》及税务机关需要的相关说明材料。
（3）对属于应征消费税的。出口企业应同时补交消费税。
除出口转内销之外，外贸企业通常还会遇到退运问题，退运是指出口企业报关实际离境出口后的货物被退回，此时企业也需要补交出口时抵免的税款。其补交税款的原则如下。
生产企业的出口货物已报关离境，但因故发生退运且海关已签发《出口货物报关单（出口退税专用）》的，须凭其主管退税部门出具的《出口商品退运已补税证明》向海关申请办理退运手续。并按照相关的规定，补缴原免抵退税款，应补税额的计算方式如下。
应补税额=退运货物出口离岸价×外汇人民币牌价 ×出口货物退税率
退运的出口货物再进行出口的，出口企业可凭《出口商品退运已补税证明》和补交税款的税收缴款书以及其他所需凭证申报办理退税。退运的出口货物转为内销的，出口企业可向主管退税机关申报办理《出口货物转内销证明》。出口企业应在规定时限内进行免抵退税申报，发生退运后再冲减当期出口销售收入。退运证明按规定期限核销。
未申报出口退税但出口企业会计业务已作出口处理的出口货物发生退运的，出口企业或其委托出口企业应向税务机关申请开具《出口货物退运已补税（未退税）证明》，申请时需要提交以下资料。
•《退运已补税（未退税）证明申请表》及正式申报电子数据。
• 出口货物报关单原件，原件核对后退还，退运发生时已申报退税的，不需提供。
• 出口发票原件。
• 税收通用缴款书原件及复印件。
