(一)商品分类管理
按商品将加工贸易分为禁止类、限制类和允许类。
(1)禁止类：《中华人民共和国对外贸易法》法定禁止进口的商品，以及海关无法实行保税监管的商品。
(2) 限制类：进口料件属国内外价差大且海关不易监管的敏感商品。根据 2015 年海关商品编码，调整后的限制类目录共计451项商品编码。其中，限制出口95 项商品编码，限制进口356项商品编码。
除国家另有规定外，加工贸易进口料件属于国家对进口有限制性规定的，经营企业免予向海关提交进口许可证件。
加工贸易出口制成品属于国家对出口有限制性规定的，经营企业应当向海关提交出口许可证件。
(3)允许类：禁止类和限制类以外的其他商品。允许类商品的加工贸易一般实行银行保证金台账“空转”管理。
(二)企业分类管理
海关根据企业信用状况将企业认定为高级认证企业、一般认证企业、一般信用企业和失信企业。企业按照海关信用管理分类缴纳台账保证金，在规定期限内加工成品出口并办理核销结案手续后，保证金及利息予以退还。
(1)对管理方式为“实转”的81个商品编码，高级认证企业与一般认证企业实行“空转”管理(即无需缴纳台账保证金)。东部地区一般信用企业缴纳按实转商品项下保税进口料件应缴进口关税和进口环节增值税之和50%的保证金；对其他370个商品编码，高级认证企业、一般认证企业与一般信用企业均实行“空转”管理。
(2)经营企业及其加工企业同时属于中西部地区的，开展限制类商品加工贸易业务，高级认证企业、一般认证企业和一般信用企业实行银行保证金台账“空转”管理。
(3)失信企业开展限制类商品加工贸易业务均须缴纳100%台账保证金。
中西部地区是指除东部地区以外的其他地区。东部地区包括北京市、天津市、上海市、辽宁省、河北省、山东省、江苏省、浙江省、福建省、广东省。
上述内容不适用于出口加工区、保税区等海关特殊监管区域，以及海关特殊监管区域外以深加工结转方式在国内转入限制进口类商品和转出限制出口类商品的加工贸易业务。
