跨境进口新政所涉及的税制变化，虽然上涨了一些，但行业普遍尚能接受。除了新税制，还有一个变化是“商品清单管理”，这一发堪比吹灯拔蜡。税改前跨境电商只有一张“负面清单”，上面写着什么商品不能进口。
官方说法是，进口高风险电商商品实施第三方检测结果采信制度，低风险的只需提供销售证明或者合格声明。税改后，变为“正面清单”，规定只可以进口什么商品，即以财政部发布的“跨境电子商务零售进口商品清单”为准。
表面看“正面清单”统一了各个口岸可清关的产品，产品细分将更规范，能提高进口通关效率。但“正面清单”要求进境须查验“通关单”成了这次新政的症结所在。“通关单”即入境货物通关单，是国家质检总局授权的出入境检验检疫机构依法对进境货物签发的已经办理报检手续的证明文件。
向海关报关时须提供通关单或单号，否则将予以退单处理。进口商想要取得通关单，须提供原产地证、合同、发票、装箱单、运单、相关许可/审批文件、食药监部门颁发的相关检疫证书等单证(化妆品还需提供中文标签样张、外文原标签和化妆品成分表等材料)，填报《入境货物报检单》向国检部报检，建立商品底账。
和海关查验相比，进出口检验检疫更侧重对货物本身的物理、化学特质的检验，以判定其风险。进口电商商品及其包装物、铺垫材料、运输工具、集装箱的检疫查验及除害处理等工作按照相关规定执行。报检通过后，国检部门才会出具《入境货物检验检疫证明》及《入境货物通关单》。
据统计，清单内约36%的编码在“法检目录”内，需要凭通关单验放，其余都不需要通关单即可办理海关通关手续。但与跨境电商海量的进口品种相比，这清单上的货品仍十分有限。以前很多可以在跨境电商进口的商品，如今都榜上无名，这意味着，都要既包括申报时的备案资料(如卫生证书等)，又包括具体的检验检疫实施(如抽样查验等)。
然而，进口化妆品、食品及保健品等商品还须在食药总局注册备案，办理手续时间少则数月，多则一年以上。而且，大多数跨境电商企业难以达到与海外供应商直接合作的要求，那些市场采购、批发商拿货的中小型进口跨境电商，多为海外扫货，即采购团队或买手在海外商超、卖场等地大量购买商品，这种模式显然无法取得原产地原产地证及合同等单证，这将迫使大部分商品不得不下线。
因此，“通关单前置”成了这次新政真正的杀手锏。国检、海关为了弱化通关单对行业的影响采取的做法是:一是对跨境直购进口免于签发通关单，二是将通关单的签发环节设定在入保税区的“一线”，避免在“二线”出区时对小包裹逐个签发，并将通关单无纸化对接海关，提高通关效率。
《关于跨境电子商务零售进口税收政策的通知》发布后，影响超乎预期，“要求2016年4月8日后启运的跨境电商进口商品，须满足正面清单及清单备注要求”，一时间风声鹤唳，行业信心受挫严重，供应链渠道受到很大冲击。
新政实施半个月后，宁波、杭州、深圳、郑州的进口 B2C 跨境电商订单下滑比例均超过60%，国外澳洲奶粉市场经历恐慌，A2/SW/BM等几家股票大跌，德运CEO被迫离职，爆品花王纸尿裤进价一度腰折，可见中国跨境市场对国外品牌影响之大。
政策不得不急刹，协调内容出台，正面清单制度暂缓一年，但仅限于前期获批的十个跨境试点城市，第二批试点不在其中。朝令夕改，其实政府颇为为难，其本质在于,该如何确定进口B2C 跨境电商这个新兴业态的本质，同时保证税收公平、贸易公平、消费品质量安全可追溯，需要高度的智慧。
2016年11 月商务部又临时通知延长跨境电商零售进口监管过渡期，显然还没有成型的手段。过渡期之后，正面清单也只适合那些国内电商有大规模需求的品类，当然也适合一般贸易进口，对于跨境长尾小众产品，履行注册和检验等手续依然困难重重，很少有跨境企业业能达到一般贸易的通关单要求。
达不到规模经济，跨境电商也不会轻易被挤向贸易。未来，跨境进口的商品要按照“货物”来监管，保税进口的监管近乎与一般贸易画上了等号，让跨境电商失去准入门槛低，长尾产品将直接被切除，加剧同质化竞争……根本来说，进口零售渠道还是要趋于公平，线上线下不会永远是两种态势。
