跨境电商试点在几个城市启动后，由于各项监管流程的细节尚在探索中，海关总署也没有统一版的系统平台，新系统仍需靠总结试点经验来建设，于是乎各地电子口岸或经贸委组织下的类似“中间业务平台”应运而生，即跨境电商公共服务平台，也即后来所说的跨境电商“单一窗口”。
各地通过公共平台的搭建，使之成为电商、支付、物流、仓储、邮政、消费者与海关、商检、国税、工商、外管及相关政府机构之间信息共享的桥梁，完成企业备案、商品备案、订单、运单、支付单、物流状态及消费者身份等统一信息交换并在电商外贸统计、辅助查验、风险管控、结汇退税、地方补贴等管理方面发挥了重要作用。
以跨境直购进口为例，整个运作链条分为几个环节:海外商品集采、国际物流(包括海外集货仓、海外清关以及干线物流)、进境报关报检清关流程、国内快递的落地配。运作的前提是相关企业及商品信息都在海关或跨境电商服务平台提前进行备案，不少地区商检、海关是独立的，能进入的商品各地政策也有不同。
当用户下单付款后，国内跨境电商企业会产生订单及支付数据(或支付企业提供)为了申报通常还要消费者提供身份信息，物流企业根据电商企业传输过来的数据。产生运单数据，此为“三单”，数据会全部传输到企业备案的跨境服务平台，服务平台再将数据传输到海关管理平台(海关内网),“三单”和“申报单”进行数据对碰，然后海关开始审单。
同时系统布控，海关抽出进行现场查验，比对数据、实物等各项信息。正常订单经后台对比后被“数据放行”，完成清关，反馈结果会从管理平台经由服务平台，发送给申报企业。实物清关放行后进行派送签收。
商品备案后，在进境申报环节，申报企业必须填写 HScode，海关以此计算税率。申报主体，通常保税进口为监管场所企业，直邮进口为国际物流商。
用户收到的包裹里通常附有《申报清单》，上面不仅包含了消费者购买商品的清单编号、订单号、订单信息，还有商品进境和报关的海关名称、商品原产国，以及身份、税费等信息，这张清单海关持有一份，消费者一份，表示所购买的商品是经过合法报关清关、商检检验、海关审核的。
无法提供“三单”电子信息的跨境电子商务零售进口商品，按规定以一般贸易执行。理论上，对于发生在那些没有与海关联网的电商平台(外国电商网站，如SkinStore)上的交易，如果快递、邮政企业能够统一提供“三单”信息，代传并承诺承担相应法律责任，那么也适用此政策。
保税进口复杂在于增加了一个进保税区的环节，与出区的申报信息要求类似。按跨境电商新政要求，保税进口商品不仅要备案，而且如果不在“白名单”里，还要像传统贸易一样向海关提交进口许可证件，申报清单内的商品不再免于检验、检疫，直购商品免于验核通关单。
办进口许可证与电商市场发展，完全不在节奏，所以目前受行业呼吁暂缓执行。但长久来看，入区申报不会仅仅像现在这样只备案即可，尤其对于非试点城市，如果要做跨境电商保税进口，则完全可以按海关1239监管码的新流程来操作。
在征税方面，早期的跨境电商税就是行邮税，税率低于贸易综合税，因此商品价格优势凸显，成功引导了跨境电商进口的飞速发展。电商惯用的分单形式达到免征额以下，使实际承担的平均税负进一步降低。
试点城市属地海关会为每票税额50元以上的订单形成一份税单，然后按月为电商企业形成一份大税单。这种模式下的进口电商，若定性为个人物品则不允许再次销售。而实际上许多海淘店类以小型的贸易商，打擦边球，从海外进货、在境内转售。
