跨境电子商务经营企业应向综试区检验检疫机构申请企业备案。
企业备案时应当提交企业资质文件、证明性材料，并对其备案材料的真实性负责。没有自建平台的电子商务经营企业可以委托开展业务的第三方电子商务平台代理备案，
境外跨境电子商务经营企业应委托综试区内的注册企业代理备案，被委托企业应承担相应的责任。
跨境电子商务经营企业应向综试区检验检疫机构申请物品备案。
物品备案时应提供产品清单、生产国家等相关信息、文件和证明性材料，并对其提交材料的真实性负责.
物品备案实施负面清单制度，以下物品不受理备案：
(一)农业部国家质检总局第1712号公告所列明的;
(二) 列入《禁止从动物疫病流行国家/地区输人的动物及其产品一览表》的；
(三)微生物、人体组织、血液及其制品和高风险生物制品;
(四)列入《危险化学品目录》《剧毒化学品目录》《易制毒化学品的分类和品种目录》和《中国严格限制进出口的有毒化学品目录》的;
(五)法律法规禁止进出口的其他物品。
虽列入《中华人民共和国禁止携带、邮寄进境的动物、动物物品和其他检疫物名录》，但能够提供输出国或地区官方检疫证书、进境动植物检疫许可证和原产地证书的，允许备案。
备案可用电子或纸质的方式并通过跨境电子商务公共信息服务平台向检验检疫机构申请。
综试区检验检疫机构对跨境电子商务经营企业和物品备案申请进行审核，符合要求的予以备案。未通过备案的电商企业和物品一律不受理出入境申报。
提供虚假资料和信息、物品出现重大质量问题和没有按承诺履行召回、赔偿的、不接受监督管理的电子商务经营企业，应当取消其备案资格。
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