由于受全球性、虚拟性、无形性、匿名性、即时性、无纸化、多变性等属性影响，跨境电商零售进口的监管难点集中在以下几点。
1.普惠时代下信用缺口增大的负面影响
跨境电商是分属不同关境的主体通过电商平台达成交易、电子结算支付、跨境物流商品送达来完成交易的国际商务活动，因其符合贸易全球化的趋势，能够高效、快速、优质、价廉地提供商品而日渐成为国内居民追求高质量生活、享受全球普惠的手段。
同时，网络或电子的虚拟性、无形性、即时性、匿名性等特点使得主体信用危机无限放大并难以追溯，且交易主体的小微化也会扩大普惠时代的信用危机，带来监管和税收的风险和难度。此外，跨境电商也对国家产业结构调整和外贸发展产生影响，冲击传统模式下的税收政策和货物监管模式，带来贸易门槛的改变和政策的调整。
2.贸易碎片化呈现和对零售业的强大冲击
按照跨境电商零售进口管理规定，我国跨境电商进口具有对象覆盖面广、商品琐碎复杂、交易信息量大等特征，且因面对最终消费群体和零售性质呈现出碎片化特点，表现为：
一是卖家依托平台对消费者进行直接交易，直接与零售实体相竞争，表现出主体碎片化；
二是商品来源的全球化和消费群体的小微化使得商品交易在全球范围内点到点的网状分布，呈现出商品碎片化；三是物流的全球化流动和平台数据的多样化采集使得信息链条碎片化，数据分析和贸易管理的难度加大。
3.虚拟网络加剧海关监管的困难
网络带来了交易的虚拟化，使得跨境电商独具特性。
一是无形性和匿名性加大了监督和惩处的难度，导致利润驱动下的假冒伪劣产品长期存在和正规品牌的品质下降。
二是主体的小微性和产业链的全球化加剧了质控和售后的困难，切断了消费者对商品的感知，而虚拟世界的开放性会无限放大网络暴力、道德谴责、信任攻击等，影响交易的公平性和海关的监管难度。
三是全球化转移税收的管辖权，无形性和即时性改变征税主体，虚拟性和匿名性降低偷逃税的成本，无纸化和多变性加大了法律证据的掌握难度,进而增加了跨境电商进口的税收征管难度，冲击传统贸易模式下的税收征管制度。
