跨境电商零售进口的海关监管，除了传统的场所、物流、查验、检疫等海关监管外，其最大的特征就是“三单”比对，并由此衍生的数据管理、清单管理、身份验核、退货管理、促销报备等监管要素。
1、口岸检疫
对需在进境口岸实施的检疫及检疫处理工作，应在完成后方可运至跨境电商监管作业场所。
2、监管查验
跨境电商零售进口商品适用网购保税模式时，一线入区时以报关单方式进行申报，海关可以采取视频监控、联网核查、实地巡查、库存核对等方式加强对网购保税进口商品的实货监管。
海关实施查验时，跨境电商企业或其代理人、跨境电商监管作业场所经营人、仓储企业应当按照有关规定提供便利，配合海关查验。
3、物流管理
跨境电商零售进口商品可采用“跨境电商”模式进行转关。其中，跨境电商综合试验区所在地海关可将转关商品品名以总运单形式录入“跨境电商商品一批”，并需随附转关商品详细电子清单。
网购保税进口商品可在海关特殊监管区域或保税物流中心(B型)间流转，按有关规定办理流转手续。以“网购保税进口”(监管方式代码1210)海关监管方式进境的商品，不得转入适用“网购保税进口A”(监管方式代码1239)的城市继续开展跨境电商零售进口业务。网购保税进口商品可在同一区域(中心）内的企业间进行流转。
4、退货管理
在跨境电商零售进口模式下，允许跨境电商企业境内代理人或其委托的报关企业申请退货，应在《申报清单》放行之日起30日内申请退货，并在《申报清单)放行之日起 45日内将商品运抵原海关监管区。
对超过保质期或有效期、商品或包装损毁、不符合我国有关监管政策等不适合境内销售的跨境电商零售进口商品，以及海关责令退运的跨境电商零售进口商品，按照有关规定退运出境或销毁。
5、促销报备
跨境电商企业在促销前应向海关提交促销报备，就促销商品种类、数量、价格、折扣力度、促销时间、预计单量等进行说明，临期商品需特别注明保质期，同时提供促销商品路径供现场海关验核。在促销活动申请中应承诺促销价格的认定遵守公平、公开原则，优惠促销适用于所有消费者，不针对特定对象或特定人群。促销结束后，跨境电商企业应向主管海关反馈促销期间的商品销售情况，就促销报备商品的实际销售时间、数量、价格等进行反馈。
相关优惠促销价格应符合以下原则：1.按照实际交易价格原则，以订单价格为基础确定完税价格，订单原则上不能为零；2.对直接打折、满减等优惠促销价格的认定应遵守公平、公开原则；3.在订单支付中使用代金券、优惠券、积分等虚拟货币形式支付的“优惠减免金额”，不应在完税价格中扣除。
