在报关进程中，海关在审核电子数据报关单时若有需要，会要求进出口货物的收货人和发货人进行解释、说明情况或补充材料。此时报关员应在接到海关通知后及时做出回应，提供详尽说明或完整材料。
当出现特定情形时，进出口货物的收货人、发货人以及报关企业需向海关进行补充申报。
其一，海关在审查进出口货物申报的价格、商品编码归类时，为确保申报内容完整准确，或者在审核申报货物的原产地以确定其准确性，要求提交原产地证书时，相关方需进行补充申报。
其二，海关对已放行货物的价格、商品编码和原产地等内容进一步核实时，也会要求进行补充申报。并且进出口货物的相关方可以主动向海关补充申报，在递交报关单时一并提交相关信息。一旦收到海关补充申报电子指令，在五个工作日内，收货人、发货人、报关企业必须通过系统向海关申报电子数据补充申报单。
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