在海关接受进出口货物申报后，一般情况下电子数据和纸质报关单不能随意修改或撤销。但存在一些正当理由时，进出口货物的收货人、发货人以及受委托的报关企业可向海关提交书面申请，经海关审核批准后能进行相应操作。
若因计算机、网络系统等方面问题致使电子数据申报有误；海关在完成出口货物放行手续后，因装运、配载等因素造成原申报货物部分或全部退关，需对报关单证及内容进行修正或撤销；报关人员因操作或书写失误导致申报出错，且未发现有走私违规或其他违法嫌疑；进出口货物在装载、运输、存储期间因溢短装、不可抗力导致货物灭失或短损等致使原申报数据与实际货物不符；依据贸易惯例先行暂定价成交，实际结算时因商检品质认定或按国际市场实际价格付款方式需更改原申报数据；以及其他经海关核准同意的特殊情况，可申请修改或撤销。
不过，一旦海关决定对进出口货物进行布控、查验，那么进出口货物的收货人、发货人、受委托的报关企业就不能再修改报关单内容或撤销报关单证。
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