商标侵权占跨境电商知识产权侵权的比例最高，而《商标法》是海关进行知识产权海关保护的重要依据，但海关对商标权的保护与《商标法》的规定并不能直接画等号。根据《商标法》的相关规定，以下三种行为均属于侵犯商标专用权的行为。
第一,未经商标注册人的许可,在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标。第二,未经商标注册人的许可,在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标。第三，在类似商品上使用与其注册商标相同或近似的商标，容易导致混淆的。2012年，美国苹果公司因侵犯深圳唯冠的iPad 商标权，被诉至法院。最终以苹果公司付出了6000万美元的代价取得了iPad商标权的转让而和解。当时的唯冠公司濒临破产,债权人已达数百人,其最大的财产估值主要集中在iPad商标的价值上，该商标使深圳唯冠公司起死回生。由此可见，维护自身品牌的声誉与权利对每一个企业来说都至关重要。
跨境电子商务交易过程中，侵犯商标权的行为主要表现在以下四方面。
第一，个别网络平台、网店未经权利人授权，销售权利人已经注册的商标专用权。
第二，使用与其他人在互联网上已经注册的商标相似的商标。
第三，未经许可使用他人已合法获得的公司、商业名称、商标标志。
第四，利用域名抢注与他人商标相同或近似域名的侵权行为及利用网上侵犯他人商标使用权等方面。
并非所有的商标侵权行为都属于海关实施知识产权保护的范围，基于“不告不理”原则和海关行政执法的特点，海关可以仅仅对企业申请备案的商标进行保护，而不必然对《商标法》所称的“近似商标”进行查处，实践中各地海关的做法也不完全一致。所以，进出口企业如果想要充分保护自己商品的知识产权，可以考虑将商品的主打商标、二级商标、防御商标都向海关申请备案，一商标一申请是最稳妥的商标保护措施。
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