①支付许可。虽然国内外有很多跨境电子商务支付与结算企业获得了本国、外国的支付牌照，但是随着行业的发展，以及各国（或地区）政治、经济环境的变化，这些企业的支付许可也有可能面临重新洗牌。届时，这些企业的跨境电子商务支付与结算环节必然会发生相应的改变。
②结汇成本。结汇成本在扣除汇率波动的成本后，还包括结算平台手续费和结算的时间成本。纵观目前专做支付或结汇的主要平台，虽然已经有如连连支付、PingPong这样的企业提供高效、廉价的结算服务，但是整个行业的平均结汇手续费还是会超过1％，这大大降低了跨境电子商务企业的利润。
③拒付欺诈。与传统外贸相比，跨境电子商务给广大中小企业提供了很多商机和便利，商家可以足不出户地把产品销往世界各地。然而，随着电子商务的发展和成熟，网上交易欺诈也偶有出现，给卖家带来一定的困扰。根据国际惯例以及VISA、MasterCard等组织的规定，在使用国际信用卡进行网上支付时，如果在交易过程中出现问题，180天之内持卡人都可以提起拒付。某种情况下，买家提起的恶意拒付会给卖家造成经济损失，即使电子商务平台可以帮助卖家向发卡组织申诉，但由于交易时间较久远，有可能物流方已没有订单跟踪信息，这样也会导致卖家败诉。
④流动性。跨境电子商务支付结算会伴随资金到账的时间问题，一般资金不能立即到账，需要经过结算银行购汇或结汇支付，一般支付平台完成交易资金清算需要7～10天，这可能会导致企业的资金周转出现问题。比如，企业需要交易所得的货款来支付职工工资、生产产品、购买原材料等，但是由于资金在支付过程中停滞了一段时间，那么就会造成企业的经营周转出现问题，造成企业经营的流动性风险。
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