影响跨境支付方式选择的因素很多，主要有以下几种。
(一)跨境支付方式普及率与覆盖范围
跨境支付方式普及率与覆盖范围是选择跨境支付方式的基础与前提。信用卡支付、货到付款、第三方支付平台等不同跨境支付方式在全球不同市场的普及率不同，不同跨境支付方式的地理覆盖范围与业务覆盖范围也不同。针对某个市场或某类市场，跨境支付方式的选择也会不同。在欧美等发达国家，金融环境相对成熟，电子商务发展与支付技术也相对成熟，信用卡支付与第三方支付具有较高的普及率与覆盖范围，成为跨境电子商务环境下首选的跨境支付方式。在非洲、拉美、东南亚等地区，金融环境比较落后，信用卡普及率较低，信用卡支付、PayPal等第三方支付工具一般不会成为首选，而货到付款则是比较常用的跨境支付方式。
(二)交易主体使用偏好
在跨境电子商务交易中，存在因目标消费群体的支付习惯、偏好及宏观经济环境因素不同而导致跨境支付方式不同的情况，这是从事跨境电子商务活动时所要重点关注的，也是影响跨境支付方式选择的重要因素。例如，在中东与拉美地区，移动支付发展速度较快，显著高于欧美等成熟市场，已成为一种重要的跨境支付方式。在非洲、俄罗斯、印度等发展中市场，消费者对电子支付工具缺乏信任，大部分消费者偏好使用货到付款，尤其是货到付现金的支付方式。
(三)跨境支付方式的使用成本
跨境电子商务卖家在货款回收方面远比国内电子商务卖家困难，海外资金结汇困难、周转慢、提款费率高、汇率变动风险等都是制约跨境电子商务货款回收的重要问题。跨境支付方式的使用成本已成为影响跨境支付方式选择的重要因素。使用成本包括时间成本与资金成本，资金成本又包括交易的手续费、汇率的成本等。不同支付方式交易的手续费不同，需要综合比较。
(四)跨境支付资金的安全性
跨境支付的风险主要分为两类，一类是第三方支付机构本身发生的不合规交易带来的交易风险，另一类是用户遭遇的交易风险。
(五) 跨境支付通道的稳定性
跨境支付通道的稳定性是在选择跨境支付方式的时候要着重考量的因素之一。例如有些支付通道允许仿牌或违禁品的交易，长此以往可能会被监管机构吊销营业许可，从而给用户造成重大损失。另外，也要考虑支付通道的收款成功率或拒付率。有些通道由于能力缺失，导致收款成功率很低，令用户错失了大量的交易机会，造成了不必要的损失。
另外，目前通行的信用卡通道支付方式大致可以分为凭密支付和无密支付，凭密支付一般需要发卡行、收单行等多方验证及支持，成功授权的失败率比较高，尤其是在美国等习惯于无密支付的国家，授权失败率能高达50%。为了减少授权失败率、提升用户的支付体验，大多数跨境电子商务企业倾向于无密支付，用户只需输入卡号，有效期及CVV2(打印在Visa/Master Card卡签名区的一个数字)即可完成支付流程。这在调高了支付成功率的同时，也极大方便了犯罪分子的交易欺诈。
总而言之，在选择跨境支付方式时，要综合考虑，全面比较。
