关务风险并不仅仅来自申报阶段的操作失误、不够熟练和疏忽遗漏，还来自企业管理制度的不完善和管理层的动机。
(一)管理层或者委托方的非法经营动机
对企业来说，管理层就是企业“龙头”，其价值导向和经营理念直接会导致一个企业是“正道”经营、“邪道”经营，还是走“偏锋”。
管理层的经营理念直接决定其对关务风险的态度和重视程度。如果管理层不是在技术创新、生产经营和管理创新上下功夫，而在关务方面过分强调降低成本，把降低关务成本作为竞争优势和利润源泉，那么管理层可能会要求报关人员尽量采取“低税率的商品归类”、瞒报价格，甚至是直接走私或偷漏税。长此以往，整个企业就是一个彻头彻尾的走私集团，陷人其中的经办人员也将会被要求参与到非法活动中，对其个人而言，也将面临巨大的法律风险。
对报关人员和关务管理人员来说，选择一个合法经营、理解关务的管理层，是减少自身风险的关键。
对受托代理报关的第三方报关企业来说，选择守法经营的委托方，是减少自己法律风险的关键。
(二)关务人员素质不高、舞弊或管理不当
关务人员在关务管理中是一个关键的职位，因为关务人员向海关所作的申报直接代表着企业的申报。虽然海关一方面利用报关人员培训、管理等制度来加强对报关人员的管理和提升其素质，另一方面要求管理层甚至法人在提交海关的资料上签字，从制度上要求企业管理层介入关务日常管理，但是，由于关务的复杂性和特殊性，很少有管理层能够真正理解申报的内容和影响。
(三)关务管理的内部控制薄弱
(四)商业和交易模式与关务管理资源不匹配
良好的关务规划和关务管理模式有助于节省企业的经营成本和税负，便利企业的物流和通关。相反，不适当的关务规划和关务管理模式可能会使企业因小失大，甚至不能有效运作。
(五)关务管理模式和系统不相匹配
就关务管理来说，功能强大、数据自动获取、申报数据自动生成的关务管理系统越来越成为必需的工具。一般来说，系统自动生成可以减少人工输入、计算的错误和疏忽。但是，计算机系统一旦出错，可能会导致连续的、多发的、常规的申报错误。
关务管理模式因企业的不同而不同，别的企业运作很成功的模式，可能并不适合自己的企业；别的国家很适用的管理模式和计算机系统，可能在中国不适用甚至无法运作；在过去很得心应手的方式现在可能不再适用。
(六)境外商业伙伴舞弊或者信息错误
作为进口商，从供应商准确获得到货的时间和地点有利于关务申报的提前准备和安排。对进口货物而言，向海关申报的数据大部分来自供应商，例如，商品的名称(属性)、价格、原产地、数量和重量等。这些信息在到货以前，作为报人的进口方，可能知道得不多，基本上是完全依赖供货商的信息。
如果供货商提供的信息与实际有差异,将会直接导致不能申报或者申报错误。
