1.通关和物流受阻，生产停顿或交货延误
关务管理的目的之一是保持物流通畅，尤其是现在许多行业都在实行“生产零库存，销售负库存”等经营模式，企业的物流和资金周转速度大大加快，对交货的速度和准时要求非常高。如果由于关务处理不当，致使物流不畅或者拖延，轻则会影响订单的完成，或者影响商业关系，重则会影响公司在业内的声誉。
比如德国国际知名眼镜制造商卡尔蔡司的全球物流中心设在法国，订单和生产指令中心集中在德国总部，在欧洲、美洲、亚洲等的30个国家有生产基地和分支机构。总部的要求是不管在什么地方生产，产品最终进入欧洲仓库的时间是一样的。对其设在中国广州开发区的生产企业来说，生产和物流安排极其紧凑：第一天接到总部的生产指令，立即安排生产；第二天完成生产任务；第三天完成广州出口报关、将货物运输到香港机场、交给快递公司等所有报关、运输和交付手续，并由快递公司用飞机将货物运送到在法国的仓库。在整个生产和物流安排过程中，广州出口报关可能是不确定的环节之一。
影响通关和物流通畅的主要原因有：
(1)关务安排不当，资料准备不齐，未能在海关正常工作时间完成报关和通关；
(2)对海关的质疑和检查不能及时答复和解决，致使海关未能放行；
(3)进出口通道和口岸单一，在当地口岸电子信息系统出现故障或者海关(检验检疫)内部调整时，未能转其他口岸进出口；
(4)对海关政策变化掌握不及时，致使通关不畅；
(5)申请企业名称变更或者其他变更的程序安排不当，海关内部系统无法完成有效切换，导致无法完成通关。
2.与商务伙伴的物流合作效率低下
如前面所述，企业对交货期要求越来越高，因此在关务规划和执行过程中一定要把握物流时间要求与税务成本的综合平衡，在保证物流通畅的前提下，节省关税。目前，灵活运用加工贸易的深加工结转和各种海关特殊监管区的政策，可以有效实现物流和税负的“两个高效”。一般从时间上来说，如果供销双方均在国内，加工贸易深加工结转和国内销售的物流时间是最短的，经过海关特殊监管区域结转的时间稍长，出境到周边国家或者地区然后再进口(“境外一日游”)的时间最长。
如果关务管理不当，或者执行中出现问题，可能会使得物流合作效率降低，增加整个供应链的成本和时间。常见的物流合作效率低下的情况有：
(1)在深加工结转中，上下游企业由于商品编码不同、价格不同、产品规格不同等问题导致不能结转，需要出口境外或者保税物流园区后再进口；
(2)实施海关特殊监管区方案后，交易安排不恰当或者对报关作业不熟悉，导致货物进出保税物流区的不顺畅等。
