1.一线进境
网购保税商品一线进境入区通关管理与一线进境普通保税货物通关管理一致，需要保税核注清单、申报报关单(备案清单)、核放单。
(1)保税核注清单。系网购保税商品底账核注的专用单证，属于办理网购保税进口业务的单证。
(2)报关单(备案清单)。系网购保税商品办理一线进境商品通关手续单证。经审核保税核注清单后，企业申报一线进境报关单(备案清单)，申报数据可以由保税核注清单归并生成。
(3)核放单。系网购保税商品进出区域(中心)的相关单证。保税核注清单、报关单(备案清单)放行后，区内企业根据网购保税进口商品运输情况申报核放单，凭核放单进出区域(中心)，核增底账数据。
2.二线出区
(1)传输“三单”信息。即交易信息、支付信息、物流信息。数据传输按照“谁传输谁负责”的原则，对信息数据真实性承担相应责任。
(2)申报进口清单。“三单”信息传输完成后，提交《申报清单》，采取“清单核放”方式办理报关手续。《申报清单》和报关单具有同等法律效力。
(3)办理出区手续。凭核放单运输包裹出区域(中心)，核减底账数据。
(4)缴纳税款。进口清单海关放行后30日内未发生退货或修撤单的，代收代缴人在放行后31日至第45日内办理纳税手续。
3.区间流转
网购保税商品可以在区域(中心)间流转，流转时无须申报报关单(备案清单)，只需申报保税核注清单、核放单。转入企业先申报进口保税核注清单，转出企业再申报出口保税核注清单，两份保税核注清单关联对应。特别需要注意的是，以“1210”监管方式进境的网购保税商品不得转入适用“1239”监管方式的城市继续开展跨境电商零售进口业务。
4.区内流转和状态互转
网购保税商品在同一区域(中心)内的企业间进行流转，与区域(中心)间流转方式一致。
存储在区域(中心)内从境外进口的保税货物，满足跨境电商零售进口商品监管要求的，可以通过账册间数据互转，实现保税货和网购保税商品的状态互转，通关手续与区内流转一致。
5.海关查验
网购保税商品一线入区后纳入账册管理，海关查验前，跨境电商平台生成跨境交易后，电商企业或者其代理人、物流企业、支付企业向海关传输相关“三单”数据。海关实施查验中，查验未见异常，做放行处理，商品由物流企业运输至境内消费者手中；查验异常的，按照相关规定进行后续处置。
