海关特殊监管区域现有六种模式：保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区(包括珠澳跨境工业园区、霍尔果斯边境合作区)、保税港区、综合保税区。不同模式对应的海关规定以及区域功能定位是不一样的。
不同的海关特殊监管区域的种类除了功能定位比较容易辨认外(例如保税港区都是港口)，其适用的海关规定的差别就不是那么容易弄清楚了。既然如此难辨识，为什么还要把这些区域分成不同的模式呢?主要原因是它们是特定历史时期的产物。
简单回顾一下特殊监管区域的历史。
(1)1990年6月开设第一个保税区——上海外高桥保税区；
(2)2000年4月开设第一个出口加工区——昆山出口加工区；
(3)2003年12月5日，开设第一个跨境工业园区——珠澳跨境工业园区；
(4)2003年12月8日开设第一个保税物流园区——上海外高桥保税区；
(5)2005年6月开设第一个保税港区——上海洋山保税港区；
(6)2006年12月开设第一个综合保税区—苏州工业园综合保税区。特殊监管区域一个新种类的出现，都是国家在当时的境况为了解决当地实际的海关业务需求而批准设立的，等不及统一的法定特殊监管区域概念出台。这些特殊监管区域的设立，一开始并没有一个非常明确的顶层设计，就是在探索中前进。不同种类的特殊监管区域只是过渡时期的产物，最终必将整合统一。
目前，这个整合过程已经开始了。国务院在《国办发〔2015)66号》第二条推进海关特殊监管区域整合中已经提到：“(五)整合类型。逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区。新设立的海关特殊监管区域统一命名为综合保税区。”
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