佣金的支付一般有两种做法，一种是由中间代理商直接从货价中扣除佣金，另一种是在委托人收清货款之后，再按事先约定的期限和佣金比率，另行付给中间代理商。中间代理商的职责是促成交易，负责联系和督促实际买家履约，协助解决履约过程中可能发生的问题，以使合同得以圆满地履行。因此，出口企业通常是在收到全部货款后再支付给中间代理商。
在实际操作中，有三种支付方式。
(1)票扣
在发票上减除佣金。在信用证上规定有扣除佣金字句的采用票扣方式。
(2)汇付
卖方收到全部货款后再向中间代理商汇付佣金。通常我国采用汇付形式，这是目前支付佣金时使用最多的一种方式。
(3)议扣
在信用证议付时扣除佣金。出口方交单时汇票上开足全部货款金额并规定议付银行在议付单据时扣除佣金。这是上述汇付形式的收后再付的简化，汇付行只汇付不含佣款，佣金由开证行径付中间商。
暗佣多采用汇付及议扣方式。
现将佣金支付的三种方式各有优缺点，具体如下。
说明：
1) 在明佣票扣中进口方要分别支付：将货款970支付给银行而将佣金 30 支付给中问商。
2)在暗佣汇付中进口方将全额1000付给银行，而由出口方径直将佣金30 付给中间商，因此进口方不知道中间商拿到多少佣金或是否拿到佣金。
3) 在议扣中，出口方在请国内议付银行垫付货款时，填写1000并委托银行代付国外佣金30。国内议付行在向国外开证行家款时另加一张封面函件，委托直付30，从而国外开证行虽向进口方收取全额1000但只向出口方支付净货款970，而由其将30 径付中间商。这样，进口方对中间商所得佣金也不知情。
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