目前在支付和结算环节,跨境电商出口企业在境内面临的税务风险主要涉及增值税、企业所得税和个人所得税;在境外面临各国不断变化的税收政策。
1)缺少增值税进项发票导致无法正常出口收汇
按照《中华人民共和国增值税暂行条例》和税务部门的有关规定，出口环节如没有增值税进项发票，不仅不能退税，反而需要缴纳13%的增值税。诸多跨境电商企业，只要采购的是无票货物，都无法正常报关出口和收汇，只能采用0110买单出口或市场采购1039 等方式解决出口通关问题。
2)通过结汇到个人账户规避企业所得税
按照《中华人民共和国企业所得税法》的规定，居民企业应当就其来源于中国境内、境外的所得缴纳企业所得税。企业所得税的税率为25%。目前部分跨境电商为了逃避高额税负，通过第三方支付机构收汇到境内个人账户，规避企业所得税。这种做法是典型的偷税行为，未来会面临很大的税务风险。
3)个人所得税未合规申报纳税
按照《中华人民共和国个人所得税法》的规定，居民个人从中国境内和境外取得的所得，都需要缴纳个人所得税。工资薪金等综合所得税率为3%~45%;经营所得税率为5%~35%;其他所得税率为20%。目前很多跨境电商企业直接将收入划入个人账户，但是个人收入未按照规定申报纳税。
4)税收征管存在重大风险
《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。对纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
例如，北京市国税局调查的天猫和京东商家的税务问题，这也是跨境电商出口企业面临的普遍问题。账面销售额巨大，但是申报的销售数据和缴纳的税额很少。在数字化交易的时代，数据累计和数据透明是基本的特点，如果没有采取一定的措施，税务风险无法释放。
5)进口国对边的税收政策带来的风险
中国是当今世界电子商务发展的领头羊，面对源源不断的中国商品“入侵”，不少国家确实感到了隐忧。各国不甘被境外电子商务“入侵”，采取多种方式限制或基本禁止本国居民海淘，如目前欧洲和英国的VAT政策。从全球来看，阿根廷、巴西等南美洲国家，成为对跨境电商征税最为严苛的地区。各国多变的税收政策不仅给我国跨境电商出口商带来较大的税务成本，同时也带来了较大的经营风险。
