跨境电子商务物流的主要问题集中在以下六个方面
首先，交付周期长。交货周期是跨境电子商务进口商的一大痛点。报告显示，目前跨境物流的平均交付时间在3-10天内，大部分时间在一周左右。其中，物流时间短的货物多来自保税仓库，而保税仓库内的货物多为母婴、化妆品、日用品等高需求消费品。长时间的等待大大降低了消费者的购物体验。时间越长，运输中出现问题的概率越高，不利于跨境电商的发展。
二、是运输过程是不确定的。在运输过程中，除造成事故的原因外，快递公司的暴力分拣造成的包装内容的损坏是消费者投诉的主要内容之一。因为管控不到位，第三方物流配送工作人员的素养良莠不齐，非常容易造成难题。
三、物流造成的退货和换货。海外退货问题是跨境电商进口商面临的主要问题。造成退货困难的主要原因是跨境物流过程非常复杂，涉及的货物种类繁多。通常国内根据平台规定一般支持7天无理由退货换货等安全手段，多年来，消费者已经习惯了。但由于距离、时间、海关等因素，海外物流一般不支持无端退换货，经常受到消费者的批评，由于质量问题等合理因素，退换货往往难以成功。
四、物流人员素质差异。物流配送是跨境物流的最后一个环节，也是最容易出现问题的环节。国内快递员的质量参差不齐。由于部分平台订单量大，很多包裹最终并没有直接送到消费者手中，而是多送到承包商的快递站等地方。这些承包商经常雇佣临时工人，而且缺乏培训，因此这个过程很容易出现众所周知的暴力分拣。暴力分拣的结果是购买的商品被损坏，消费者被迫要求退换货，对于跨境电商来说，由于各种原因导致退换货困难。
五、交通运输技术相对落后。由于跨境物流距离较远，运费成本相对较高。而高成本的物流和运输将带来高的商品价格。国内物流系统总体落后于外国,虽然参与跨境进口大型电力业务平台与自建或合作更加成熟的第三方物流,物流的平均速度,服务质量是好的,但是其余的中小型电子商务平台和物流公司都有自己的弱点和缺点,跨境电力带来很多问题。
六、法律法规监督不完善。因此，跨境物流中的平台、商家和第三方物流对消费者权益的关注不够。一些不法商家在物流上的欺诈行为，承诺通过空运等快捷的方式发货，但实际上却采用海运等低成本的方式发货，赚取差价。
