我国跨境电商物流现存的主要问题是大量的跨境电商使得对跨境物流的要求大大提高，但目前我国物流的基础设施和管理水平仍然滞后于发达国家，成为跨境电商快速发展的瓶颈性制约要素，主要问题如下。
1.成本高昂
由于跨境电商所售小件商品通过国际快递和国际小包运送，如国际e邮宝，以及DHL FedEx、UPS、TNT等。虽然时效能够保证，但运费居高不下。如果卖家相应提高商品售价，与国外产品竞争时则丧失价格优势。
2.时效太慢
跨境电商物流配送的速度却是影响境外买家购买的重要因素，欧美等地客户对时效性的要求比较高，如配送时间超出预期，客户往往会退货或投诉。以中国邮政小包为例，送至亚洲邻国需5~10天;欧美主要国家需7~15天;其他国家和地区需15~30天。小额交易卖家最常选用的中国香港邮政小包曾多次因业务量过多，造成货物严重积压，许多卖家被迫另寻找价格更贵的物流公司。
3.大型电商的海外仓封闭运营，较少与中小电商企业实现资源共享
随着跨境电商的品类逐渐增多和升级，以家居产品为代表的大货、重货越来越多且难以通过空运配送，原来多用传统海运，由于运送时间过长，很多电商采用海外仓进行配送，缩短商品到达客户的时间以吸引更多买家。cBay、亚马逊、新蛋网等电商平台开始要求或鼓励中国卖家更多地采用海外仓的方式发货，以保证用户体验。目前我国跨境电商在成熟市场的北美、欧洲等海外仓数量居多,如大龙网FBDD与XRU(俄速递)在俄罗斯联建“海外仓”。广州的出口易也在英国、美国、澳大利亚、俄罗斯和西班牙等地自建仓储中心。但海外仓的建设及运营成本较高，主要适用于货价较高、对物流成本承担能力较强且市场销量较大的商品，由资金实力雄厚的卖家封闭性运营，与中小电商企业小额产品的资源共享度较低。
4.供应链高端和增值服务能力较弱
目前，中国跨境物流主要还集中在传统的物流运输、配送、货代报关、订舱等层面，而一些供应链高端服务如集成性供应链最优解决方案的提供、云计算信息平台、跨境金融、海外即时送等服务能力不足。同时物流的可视化和信息透明度较低。虽然目前国内出现了第三方国际物流仓储集运和B2C外贸平台仓储集运，主要由巨无霸型电商企业发起运营，如阿里巴巴的“全球速卖通”、敦煌网的全价值链服务平台、深圳递四方等跨境供应链综合服务商，先将货物统一集收，再按其目的地、品类、数量等统一分拣配送，对于跨境电商订单数量多、频次高的产品而言，可以使集、发货时间缩短，配送成本得以分摊，这是电子商务平台服务向产业链高端发展的开始，但由于前期仓储物流投入较大，内外部的资源整合、协调机制不完善，操作过程复杂，使得其行业渗透度及服务集成度不高。
