1.税负不同带来的税收风险
跨境电商零售进口适用电商税，与一般贸易进口适用的关税、增值税以及消费税等税负总额相比，电商商品享受较低水平的优惠税率。这表明，国外电商企业拥有着隐形的优惠待遇，从而形成价格上的竞争优势，由税负不平衡带来的竞争不平衡将会对国内的电商企业以及实体企业产生很大的冲击效应，进而税往低处走，导致税收压力。
2.配套措施匮乏带来的监管风险
电子化、无纸化是跨境电商的典型标志，网上电子交易记录成为获取信息的唯一途径，从而为海关的跨境监管造成极大的阻力。一方面，电子形式的记录存在被人肆意篡改的风险，并且缺乏时效性，使得监管缺乏真实、充分的监管依据；另一方面，电子信息极易遭到破坏，缺少参照的相关副本，一旦发生被病毒入侵等事故，则使得海关监管部门缺乏了监管的数据依据，从而无法准确地确定完税价格。
3.“刷单”等新型手法出现带来的走私风险
跨境电商享受税收优惠，并允许“免于向海关提交许可证件”，与一般贸易通关渠道形成政策落差。部分违法企业为谋求高额利润，利用跨境电商优惠政策盗用他人身份，采取“刷单”等新型手法实施走私行为，带来了打私压力。
4.电商商品特性带来的质量风险
跨境电商零售进口商品按照个人自用进境物品监管，不执行首次进口许可证件、注册或备案要求，意味着该类商品在一定程度上存在国标豁免；加之跨境电商零售进口商品多以日常消费品为主，潜在的安全风险较多，如保质期、辐射、化妆品理化、婴幼儿服装理化型性能等。
5.夹藏违禁品带来的安全准入风险
跨境电商通关，依据“来源可追溯、去向可查证、风险可控制、责任可追究”的特点，设计基于电子订单、电子物流单、电子支付单与申报清单比对的“三单”比对模式，具有极高的通关效率。据统计，平均通关时间属于秒放级别。为规避快件的严格监管，并享受上述优惠税收政策，部分违法企业将快件转运货物伪报跨境电商进口。近年来，各地海关在跨境电商渠道陆续查发了旧衣服、旧手袋甚至枪支弹药等违禁品。快件转运货物伪报跨境电商进口的现象在直购进口业务中并不罕见。
6.海量的消费者导致舆情风险
跨境电商零售进口的受众不是企业而是海量的消费者,额度盗用、通关延迟、假冒伪劣等情事，一旦被以万、十万、百万为单位的消费者放大，海关公信力则会大打折扣，面临巨大的舆情压力。
