跨境电商零售网购保税进口商品在境内属于海关保税监管，使用保税账册记录进、出、转、存等物流信息，接受海关库内核查盘库，确保账册与实物应相符。如果实物比账册少，因不可抗力造成损毁、灭失，企业应办理核销和免税手续，因保管不善等非不可抗力因素造成损毁、灭失的，企业应按照一般贸易进口货物的规定办理相关手续，缴纳关税和进口环节税；如果实物比账册多，企业应修改报关数据，确保与账册相符。
跨境电商零售网购保税进口商品通常从境外市场采购装运，与原厂采购相比，可能品种没那么单一，包装没那么整齐，数量和重量没那么准确。进境监管通常抽查部分商品，不对全部商品逐一检查，无法彻底排除个别商品与申报数量不符的可能；通常大量商品在仓库混合存储，销售后通过人工选货分拣打包发运，可能存在人工操作错误。当实物与账册不符时，要企业彻底清点相关商品，确定不符数量和原因，特别是涉及大批量进口商品时，将需要投入较多人力和时间，办理账册调整手续，特别因非不可抗力因素造成损毁、灭失的，企业应按照一般贸易进口货物的规定办理相关手续，缴纳关税和进口环节税，承受更大经济损失。
跨境电商零售企业应加大商品清点力度，在进境后及时清点全部商品，在保税存储时定期清点在库商品，在商品大量销售出库后及时清点剩余商品，尽早发现实物与账册不符情况。应即时向海关报告不符情况，提交清点结果和原因解释，配合海关办理后续手续，及时调整账册，不要以为不符数量少，情况不严重，就不及时处理，导致不符数量长时间积压，最终不符数量巨大，一次性调整可能产生较大监管风险。
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