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一般来说，香港公司注册不能直接在大陆运营，这是因为一国两制，香港和大陆实施不同的制度，对大陆，香港属于海外，香港公司属于海外公司，也不受大陆公司法的控制。 

如果香港公司想在大陆经营，需要通过下面的三种方式来达成： 

1、品牌授权 

通常来说最常用的方式就是进行品牌授权，也就是用香港公司授权给大陆公司，签署授权协议，授权给大陆公司允许自行生产自行运营，从而对外宣传该品牌是由香港公司持有并授权给大陆公司使用。

由于香港公司拥有良好的国际品牌形象，此举也可以为该公司品牌进行包装，增加知名度，提高国际形象，提升公司竞争能力。 

2、成立代表处（办事处） 

如果香港公司只需要联系地联系客户，不打算运营，那么设立代表处是最好、最经济的选择。准备好申请材料后，可向当地工商行政管理局申请登记，办理组织机构代码登记、外汇登记、税务登记等手续由于香港公司文件不能直接在内地使用，设立代表处需要主要资格的公证认证）。 

需要注意的是，此举只能用于联系客户或供应商，无法处理业务合同签订、汇款收集等业务活动。 

3、在内地设立外商投资公司 

外商投资公司是指含有外资成分的境外人士在内地设立的企业。一般来说，香港公司以香港公司的名义回大陆投资并成立外商投资公司（香港公司股东至少需要一海外人士）。

只有这样，香港公司才能在大陆合法上市。同时，外商独资企业可享受返程投资最高折扣，最低税收可达15%。还可享受进出口生产、零部件、办公用品等原材料的减税政策。