跨境电子商务税务风险是指由于关税等政策的变化，使跨境电子商务进出口商产生的税务成本上升的风险。
跨境电子商务税务风险由进出口税务政策变化而产生，对跨境电子商务进出口商影响巨大，主要包括跨境进口电子商务税务风险和跨境出口电子商务税务风险。
（1）跨境进口电子商务税务风险。跨境进口电子商务税务风险主要是指由于税务政策的调整，对跨境电子商务进口商产生的税务成本上升的风险。
新的税收政策将跨境电子商务进口商品交易缴税归为一般贸易模式征税制度之下，跨境电子商务企业所面临的最大问题是正面清单与通关单。“正面清单”的实行，大幅限制了跨境商品进口品类（生鲜、液态奶、成人奶粉出局，保健品和化妆品受到严格限制），新税收政策则要求进口商品税号需要满足前置审批条件获取“进口通关单”，但因境内外产品特性或者工艺标准不同，导致跨境电子商务企业无法及时提供通关单要求的各项材料，延长了许可证的办理时间，使得进口商品通关进程放缓，影响了跨境电子商务企业商品进口业务。
此外，保税商品监管模式的改变使很多保税区出现了保税仓库空置，部分跨境电子商务平台也因此出现了补货难的局面。跨境电子商务企业业务范围的缩小，也会使仓储行业陷入困境，前期的资金投入无法得到有效的利用而造成资源的浪费，相关开展保税业务的企业或将面临损失。
税改新政措施的实行，海关等相关部门的监管力度不断加强，经营成本上升等对中小型跨地电子商务企业有明显的影响。经营模式单一、抗风险能力较差的企业将面临资金短缺、倒闭或转型等诸多问题。之前依靠低利率赚取中间差额利润的中小型跨境电子商务企业，将面临税后消失的价格优势，被迫退出跨境电子商务市场，这会造成一定程度上的市场空缺。
（2）跨境出口电子商务税务风险。跨境出口电子商务税务风险主要是指由于税务政策的调整，对跨境电子商务出口商产生的业务成本上升的风险。
