此种模式需要中国人民银行指定境外某银行(一般为境外分行)为人民币境外清算行，由境外清算行与境外商业银行签订人民币代理结算协议，并为其开立人民币同业往来账户，代理境外银行进行人民币跨境收付等服务。
例如，业务场景是境外企业A需要支付资金给境内企业B。
前置工作有A在境外花旗银行开设结算账户，B在境内农业银行开设结算账户;中国人民银行指定中国银行某境外分行(商业银行)为该地区的人民币清算行;花旗银行在中国银行境外分行开设人民币同业往来账户，存入资金;花旗银行和中国银行境外分行通过SWIFT 或当地的结算系统连接;中国银行境外分行与中国银行境内总行之间通过行内连接系统连接，中国银行境内总行与境内农业银行通过CNAPS连接。
清算行模式和第一种代理行模式在收付款两方体验上的区别不大，核心在于资金的结算地不同。采用代理行模式的前提是，境内的银行具备国际结算业务能力。其主要通过SWIFT 与境外银行连接，当境外银行和境内代理银行进行结算时，此笔资金为国际结算(境外结算)。而采用清算行模式的前提是，境内银行在境外的分行被中国人民银行指定为境外人民币清算银行。这样其与境外银行可以“能力共享”，资金的结算在清算行的内部系统中进行。如上述例子，资金是在中国银行行内完成结算的(境外分行和境内总行之间)。
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