通关作业无纸化是一种新型的通关作业方式。海关以企业分类管理和风险分析为基础，按照风险等级对进出口货物分类，运用信息技术对企业联网申报的报关单及随附单证电子数据进行无纸审核、征税和验放，改变了传统递交书面报关单及随附单证办理通关手续的做法。
目前，在北京、天津、上海等多个海关的部分业务现场开展通关作业无纸化试点。
其适用范围包括 AA 类、A 类、B 类的进出口企业以及 AA 类、A 类、B 类的提货企业。但涉及许可证件未实现电子数据联网核查、涉及税费未接入电子支付的进出口货物暂不适用。
在程序方面，企业经报关所在地直属海关审核同意，与直属海关及第三方认证机构签订电子数据应用协议后，可在该海关范围内适用通关作业无纸化通关方式。经海关审核准予适用该方式的进出口企业若委托报关，应委托同样适用该方式的报关企业。试点企业可自行选择有纸或无纸作业方式，选择无纸作业的企业在申报时应在电子口岸录入端选择通关作业无纸化方式。
对于管理类别为 AA 类企业或 A 类生产型企业，申报时可不发送随附单证电子数据，通关过程中根据海关要求及时提供，或在海关放行之日起 10 日内提交，符合企业存单条件的可由企业保管。对于管理类别为 A 类非生产型企业或 B 类企业，申报时应同时发送报关单和随附单证电子数据。采用该方式的企业在收到海关补充申报电子指令后，应在五个工作日内通过系统申报电子数据补充申报单，无需递交纸质版。
报关单如需修改或撤销，企业可通过中国电子口岸 “报关申报” 系统提交申请，海关按纸质报关单管理规定办理。各单位查阅、复制海关存档的电子数据档案时，需按规定办理手续，海关根据电子档案出具纸质件并加盖印章。对于国家外汇管理局核定的货物贸易外汇管理 A 类企业，可自行打印报关单证明联，B 类和 C 类企业则仍由海关提供纸质报关单收（付）汇证明联。
