各国政治、经济情况不尽相同，海关职责也有差异，即使同一国家在各个历史时期的海关职责也有变化。但以下几项职责是绝大多数国家海关基本都具备的。
第一，对进出口货物、旅客行李和邮递物品、进出境运输工具实施监督管理，有的称作通关管理，有的称作保障货物、物品合法进出境管理。
第二，征收关税和其他税费。许多国家的海关除征收关税外，还在进出口环节代征国内税费，例如增值税、消费税和石油税等。有些国家的海关还征收反倾销税、反补贴税和进口商品罚金等。
第三，查缉走私。各国海关都对逃避监管、商业瞒骗、偷逃关税等行为进行查缉，尤其对禁止走私和限制进出境的货物、物品，特别是毒品，每一个国家海关都加大查缉力度。此外，部分或个别国家的海关还具有一些特殊职能:如编制对外商品贸易统计、保税管理、沿海巡逻警戒等。21世纪初，有些国家除对传统的有形贸易(实物)进行监管外，还对无形贸易(服务贸易)进行监管。许多国家政府指令该国海关履行国际出口管制制度，即对高科技产品、导弹技术产品、核相关双重用途产品、生化武器、常规武器、环境污染物质和有毒废料、濒危物种文物等进行管理。
根据《海关法》的规定，中国海关具有五项职能;监管、征税、缉私、统计和出入境检验检疫管理。
(一)监管
海关监管是指海关根据《海关法》及相关法律、法规规定，对进出境运输工具、货物、行李物品、邮递物和其他物品及其相关进出境行为使用不同管理制度而采取的一种行政管理行为，其目的在于保证一切进出境行为、活动符合国家政策和法律的规范，以维护国家主权、利益和国内市场的稳定以及公平竞争。监管是海关最基本的任务，是其他任务的基础和根基，海关的其他任务都必须依赖于监管工作的顺利执行。在监管环节，海关监管需要负责招待和监督国家各项对外贸易制度的实施，如进出境国家管制制度、外汇管理制度、出入境检验检疫制度、文物出口管理制度等，从而在政治、经济、文化道德、公众健康等方面维护国家利益。
根据监管对象的不同，海关监管可分为海关对货物的监管、对物品的监管和对运输工具的监管三大体系，且每个体系都有其独特的管理程序和方法。
(二)查缉走私
查缉走私是海关为保证顺利履行进出境监管管理职能而采取的保障措施。查缉走私是指海关依照法律赋予的权利，在海关监管区和附近的沿海、沿边规定地区，为预防、制止、打击走私行为，以实现对走私活动的综合治理而采取的各项活动。走私是指违反《海关法》及有关法律、行政法规，逃避海关监督，偷逃应纳税款，逃避国家有关进出境的禁止性管理，非法运输、携带、邮寄国家禁止、限制进出口或者依法应当缴纳税款的货物、物品进出境以及特定减免税货物和其他海关监管货物、物品、进出境的境外运输工具在境内销售的行为。走私在主观上逃避监管，并以偷逃关税、牟取暴利为目的，扰乱宏观经济秩序，冲击民族工业，腐蚀干部群众，毒化社会风气，引发违法犯罪，对国家危害性极大，必须予以严厉打击。
(三)征税
进出口税费是指海关代表国家向准许进出口的货物、进出境物品征收的一种间接税，包括关税、增值税、消费税、船舶吨税和海关监管手续费等进出口环节中海关征收的税、费，其中增值税、消费税、船舶吨税属于海关代征的进口环节税。依法征收关税和其他税、费是《海关法》明确规定的海关的重要任务之一，亦是赋予海关的重要权力之一，也是国家保护国内经济、实施财政政策、调整产业结构、发展进出口贸易的重要手段。
关税是国家财政收入的重要来源，也是国家进行宏观调控的重要工具。关税的征收主体是国家，《海关法》明确将征收关税权力授予海关，由海关代表国家行使征收关税的职能。海关征税工作的基本法律依据是《海关法》《进出口关税条例》等。海关通过执行国家制定的关税政策，对进出口货物、进出境物品征收关税，起到保护国内工农业生产、调整产业结构、组织财政收入和调节进出口活动的作用。
(四)编制进出口贸易海关统计资料
海关统计资料是以实际进出口货物作为统计和分析的对象，通过收集、整理、加工处理进出口货物报关单或经海关核准的其他申报单证，对进出口货物的不同指标分别进行统计和分析，全面、准确地反映对外贸易的运行态势，及时提供统计信息和咨询，反映国家对外贸易方针、政策实行的实际情况，以便实施有效的统计监督，促进对外贸易的发展。根据有关规定，我国现在采用海关统计数据作为国家正式对外公布的进出口统计数据。我国海关的统计制度规定，对于引起我国境内货物资源储备增加或减少的进出口货物均列入海关统计;对于部分不能列入海关统计的进出境货物和物品，则根据我国对外贸易管理和海关管理的需要实施单项统计。
海关统计是国家进出口货物贸易统计、国民经济统计的组成部分，是国家制定对外贸易政策、进行宏观调控、实施海关严密高效管理的重要依据是研究我国对外关系发展和国际经济贸易关系的重要资料。
(五)出入境检验检疫管理
根据国家机构改革方案，2018年4月20日起，出入境检验检疫职能和队伍整体划入海关。口岸公共卫生、国门生物安全、进出口食品安全和进出口商品安全等出入境检验检疫主要职能，成为新海关在传统安全风险防控增加延伸的范围。海关职能增加了以下几个方面:
1.口岸公共卫生 (国境卫生检疫)职能
口岸公共卫生职能，指包括出入境人员卫生检疫、传染病监测、特殊物品监管、核生化反恐、交通工具卫生监管、卫生监督和卫生处理等在内的工作。
主要范围包括:
对出入境的人员、交通工具、集装箱、行李、货物、邮包等实施医学检查和卫生检查。
对未染有检疫传染病或者已实施卫生处理的交通工具，签发入境或者出境检疫证。
对入境、出境人员实施传染病监测，有权要求出入境人员填写健康申明卡，出示预防接种证书、健康证书或其他有关证件。对患有鼠疫、霍乱、黄热病的出入境人员，应实施隔离留验。对患有艾滋病、性病、麻风病、精神病、开放性肺结核的外国人应阻止其入境。对国境口岸和停留在国境口岸的入出境交通工具的卫生状况实施卫生监督。该项卫生监督包括:监督和指导对啮齿动物、病媒昆虫的防除;检查和检验食品、饮用水及其储存、供应、运输设施;监督从事食品、饮用水供应的从业人员的健康状况;监督和检查垃圾、废物、污水、粪便、压舱水的处理;可对卫生状况不良和可能引起传染病传播的因素采取必要措施。
对来自疫区、被传染病污染、发现传染病媒介的出入境交通工具、集装箱、行李、货物、邮包等物品进行消毒、除鼠、除虫等卫生处理。
2.国门生物安全(进出境动植物检疫)职能
国门生物安全(进出境动植物检疫)职能，指为防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物传入、传出国境，保护农、林、牧、渔业生产和人体健康，促进对外经济贸易的发展，依法对进出境的动植物、动植物产品和其他检疫物，动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、包装物，以及来自动植物疫区的运输工具实施检疫。
需要依法实施动植物检疫的情形:进境、出境、过境的动植物、动植物产品和其他检疫物;动植物、动植物产品和其他检疫物的装载容器、包装物、铺垫材料;来自动植物疫区的运输工具;进境拆解的废旧船舶;有关法律、法规、国际条约或合同约定应实施检疫的货物、物品。
检疫要求有:对于国家列明的禁止进境物作退回或销毁处理;对进境动物、动物产品、植物种子、种苗及其他繁殖材料实行进境检疫许可制度，在签订合同之前，先办理检疫审批;对出境动植物、动植物产品或其他检疫物的生产、加工、存放过程实施检疫监管;对过境运输的动植物、动植物产品和其他检疫物实行检疫监管;对携带、邮寄动植物、动植物产品和其他检疫物的进境实行检疫监管;对来自疫区的运输工具，实施现场检疫和有关消毒处理。
进境动植物检验检疫措施包括:风险分析、检疫准人、注册登记、检疫审批、申报、口岸查验、实验室检测、检疫处理、隔离检疫、后续监管、应急处置和响应。
3.进出口食品安全职能
进出口食品安全职能，指为保护人类、动植物生命和健康，根据《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例、《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例和《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》等法律法规的规定，对进出口食品实施检验检疫及监督管理。该职能基于风险分析、符合国际惯例的进口食品安全保障体系，以及从源头备案、过程监督、产品抽检、符合我国实际的出口食品安全监管体系，是把好进出口食品国门安全的关键。
(1)进口食品安全(3个环节21项制度)
进口前环节(9项):出口国食品安全管理体系审查制度(出口国官方政府)、出口食品生产企业注册管理制度(企业主体责任)、出口商备案制度、进口商备案制度、官方证书制度、进口商对境外生产企业审核制度、进境动植物源性食品检疫审批制度、进口境外预先检验制度、优良进口商认定制度。
进口环节(7项):合格证明材料制度(企业主体责任)、检验检疫申报制度、口岸检验检疫监管制度(监管)、安全风险监测制度、风险预警快速反应制度、指定口岸制度、第三方检验机构认定制度(激励企业落实主体责任)。
进口后环节(5项):回顾性检查管理制度(出口国政府主体责任)、进口销售记录制度(监管责任)、召回制度、不良记录制度(企业主体责任)、责任约谈制度。
(2)出口食品安全(3个环节9项制度)
原料环节监管制度(3项):出口食品原料种养殖场备案制度、出口食品原料基地疫病疫情监测制度、出口食品原料基地有害物质监控制度。
生产加工环节监管制度(3项):出口食品生产企业备案制度、出口食品分类管理制度、出口食品生产企业安全管理责任制度。
出口检验检疫(3项):监督抽检制度、风险预警制度、追溯召回制度。
4.进出口商品安全(进出口商品检验)职能
进出口商品检验，指确定列人法检目录的进出口商品是否符合国家技术规范强制性要求的合格评定活动。
合格评定程序为:抽样、检验和检查;评估、验证和合格保证;注册、认可和批准以及各项的组合。
出口一般工业制成品不再实施法检。
监管理念从重微观质量检验向加强宏观质量安全管理转变，监管方式从普遍检验监管向重点检验监管转变，监管重心从进出口并重向以进口为主转变，监管体制从管检一体向管检分离转变。构建适应形势发展的检验监管体系，突出国门安全、突出风险防控、突出创新驱动、突出事中事后监管，提高建立、运用技术性贸易措施的能力和水平，强化对进出口战略资源性商品、危险品、消费品、汽车等重点商品的检验监管。
进出口商品质量安全风险管理:建立趋于完善的C-RAPEX系统，完善立体式风险信息监测网络，形成风险管理制度文件，风险结果应用成效明显，如进口消费品预警、进口汽车召回等。
对高危、敏感商品施行全链条管控。
重点抓好各类进口大宗资源性商品(煤炭、铁、进口棉花、废物原料、口岸法定鉴定)检验监管。
建立完善以问题导向为原则的进出口商品监督抽查机制，从目录外监督抽查到风险监测，从通报召回及退货到追溯调查，从示范区建设到区域化监管。注重强化监督抽查工作与跨境电商、通报召回、出口退运、政府协议检验、出口示范区等工作紧密结合，动态调整监管重心，动态发布抽查计划，提升监督抽查工作的有效性，并强化抽查结果的分析和应用。
以上五项基本职能构成了海关对进出境活动的相辅相成的监督管理体系，监管职能是基础，征税、查缉走私、贸易统计等职能一方面体现了监管职能的要求，另一方面也为实现监管职能提供了有力的保障。
