跨境电子商务虽然在技术基础上与一般电子商务基本相同，但是与国内电子商务相比，跨境电子商务还是有着显著的区别。
(一)业务环节的差异
国内电子商务属于国内贸易，而跨境电子商务实际上是国际贸易。较之国内电子商务，跨境电子商务业务环节更加复杂，需要经过租船订舱、办理保险、通关、检验检疫、外汇结算、征税以及退税等环节，牵涉更多的参与者，线长，面广，风险更大。
(二)交易主体的差异
国内电子商务是国内企业对国内企业或消费者，跨境电子商务的交易主体是指在不同关境的，有不同的消费习惯、文化心理、生活习俗的企业或消费者。这就需要交易者对国外的贸易、互联网、消费行为、文化认知等有更深入的了解，难度要远远大于国内电子商务。
(三)适用规则的差异
跨境电子商务比一般国内电子商务需要适应更多、更复杂的规则，包括国际贸易规则、进出口管制、关税制度、产业政策、知识产权保护以及贸易协定等。另外，从微观上讲，各国电子商务交易平台规则都不相同，需要有针对性运营的技能。
(四)交易风险的差异
比如不同国家(地区)的政策和法律对电子商务税收的问题、电子商务交易的有效性问题、对消费者隐私权保护的问题、交易平台法律责任的问题、垃圾邮件以及网络广告的法律问题、链接和软件的许可专利性问题等都有不同的认识，所以当争议产生后解决难度较大。
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