在申请《自动进口许可证》及大宗农产品进口信息备案时，需先在“单一窗口”绑定商务部电子钥匙。在申报环节，要保证电子钥匙插在电脑上，才能进行相关业务操作。
1.首次申请流程
企业登录在线填报系统，在线填写《企业CA电子钥匙申请表》，并上传相关申请材料，即完成申请。
第一步，提供商平台用户注册：进入在线填报系统后，首次申请请点击页面右侧“点击这里”进行注册，用户在线注册成功后，注册系统将自动发账户激活邮件至注册所填写的邮箱中，请查收“调用商务部统一用户管理平台激活企业账户”主题的邮件，根据邮件内容激活账户。
第二步，在线填写申请表：登录在线填报系统后开始填写申请表。首先根据企业自身情况和预计办理许可的种类，在表格上端选项上做正确勾选。
填写“用户登录名”时，如是机电进口企业，可直接录人事先注册的机电产品进口单证系统的用户；如是补办，直接录入遗失或损坏的原用户名；如是以上两种情况以外的普通用户，需点击“获取登录名”由商务部业务系统统平台自动分配用户名。
完成申请表的填写并提交。
第三步，下载打印并盖章：点击“确认提交”完成后，根据页面提示“点击此处将申请表保存至本地”，下载填写的申请表及电子签章申请确认函，打印后，请签字并加盖企业公章。
第四步，扫描申请材料并上传附件：请点击“下一步”进入上传附件界面。将以下所需申请材料的扫描件上传至系统(每张图片小于200k)，选择相关附件，点击“上传”后，请务必再次点击“确认上传”按钮。
申请材料均对原文件进行扫描，包括：“第三步”中货物进出口行政许可电子认证证书和电子钥匙申请表；含统一社会信用代码的企业法人营业执照；电子签章申请确认函(授权用户签字盖公章)；对外贸易经营者备案登记表如下情况可不提供：未进行过对外贸易经营者备案且只办理机电产品进口单证的企业；已向地方商务主管部门进行过信息注册的自贸区企业；营业执照中能体现是外商投资的企业；授权用户(经办人)身份证正反面。
第五步，验核：企业可在网上提交申请2个工作日后，登录在线填报系统查询办理进度。
由省级商务主管部门进行预审，如系统提示“验核通过”则表示申请材料完整无误，进入复核阶段；
由电子钥匙服务商进行复核，如系统提示“复核通过”则表示进入制作CA电子钥匙及电子签章阶段；
如系统提示“验核未通过”或“复核未通过”，查看“备注”审核意见了解具体原因，并根据备注提示按要求重新提交。
第六步，制作和送达省级商务主管部门：电子钥匙服务商为复核通过的企业制作CA电子钥匙(含电子签章)，并将电子钥匙快递至省级商务主管部门。
第七步，企业接收电子钥匙：省级商务主管部门收到电子钥匙后，须在2个工作日内通知企业领取或按企业要求寄送。
2.办理时限
企业在线确认提交材料无误后，验核时间为2个工作日，复核及制作电子钥匙时间为5个工作日。收到电子钥匙后，省级商务主管部门须在3个工作日内通知企业。
3.办理费用
根据商务部配额许可证事务局的通告，现已对许可证电子钥匙申请及更新流程进行调整，电子钥匙申领为免费服务。
