关务风险，简单地说，就是影响关务筹划目标实现的不确定因素。这些不确定因素的存在，会给企业在税负支出、通关成本、物流效率等方面带来不利影响，甚至还会对经营者和相关人员追究法律责任。
1.潜在少缴和未缴税款的风险
依法纳税是企业的基本义务。企业如果少缴税或者逃税，海关仍保留追缴的权力。《海关法》规定，进出口货物、进出境物品放行后，发现少征或者漏征税款，海关可在自缴纳税款或者货物、物品放行之日起一年内,向纳税义务人补征；如果因纳税义务人违反规定而造成的少征或者漏征，海关在三年以内可以追征。如果涉及的金额比较大，纳税义务人的行为被认定为走私罪，海关的追溯期限就不限于三年。
潜在少缴或者未缴关税的危害性在于不能使企业及时准确地对商品的成本进行核算，对生产和销售作出错误的决策。另外，海关查、查私，如果发现企业有少缴或者未缴税情事，不但会追缴关税或其他税款，还可能对企业处以罚款或者其他处罚，从而对企业未来的财务状况产生负面的影响。
如下面的案例1，该企业在进口环节时将商品归入低税率的税号，按该税率缴纳关税，并以此核算成本、确定销售价格，海关核查后要求补缴关税，但是货物已经销售出去，相应的成本无法调整，对企业来说是一种损失。
企业潜在少缴或者未缴关税事项主要有：
(1)进口货物未向海关申报；
(2)通过伪报的方式少报或者低报进口数量；
(3)低报或者漏报应税的对外支付款项；
(4)从境外关联企业或者其他特殊关系的企业进口货物的申报价格过低；
(5)特许权使用费未向海关申报；
(6)商品归类时归入错误的低税率税号；
(7)应税货物以非应税的项目进口，比如普通货物以样品或广告品进口；
(8)利用国家免税政策进口设备用于非免税项目等。
2.多缴税款，承担不当税负
由于对法律法规理解不深，关务安排、税率使用不当，部分企业可能因此多缴税款，这就造成企业的净损失，使企业承担不必要的税务负担，损害股东的利益。
在实际企业经营中，多缴税款主要有以下情况：
(1)由于关务规划不当，导致没有享受应得的关税优惠政策；
(2)由于供应商不能提供符合条件的原产地证明，或提供单证不齐，或者无法满足直接运输条款，进口的商品不能享受自由贸易区优惠税率；
(3)商品归入税率较高的税号；
(4)申报价格中包含不应税的价格等。
3.增值税和出口退税的额外损失
进出口环节的增值税完税凭证是企业办理海关手续的重要单证，也是增值税申报的重要凭证。进口环节的增值税，可以作为增值税进项抵扣增值税销项税款，但是这些增值税纳税凭证必须在规定的期限内向税务部门申报和认证。出口报关单的出口退税和外汇联是办理出口退税的主要单证。如果这些单证不齐，或者不能在规定的时间内提供，可能会导致增值税方面的损失，比如：
(1)进口货物增值税税票没能在规定的时间向税务局申报认定，致使进口增值税不能作为进项抵扣。
(2)报关单出口退税联不能在规定的时间内提交，致使出口退税无法完成；进口增值税税单或者报关单遗失造成税务损失。
(3)进出口报关单遗失，致使外汇支付、收汇结汇、收付汇核销无法完成。
