跨境传统贸易商品数量大，通常采取传统物流运输方式。单批商品统一独立包装，使用独立的集装箱、车辆、托盘等运输装载方式，方便商品单独装卸，避免商品在运输过程中被再次开拆，可能损坏、丢失或与其他商品混淆，或方便使用叉车快速装卸，避免人工这个装卸效率低或人为损坏。通常使用国际航行船舶、陆路车辆等成熟且相对廉价的运输方式，整体物流时间比较长，在确保商品品质前提下，尽量降低单个商品物流成本，降低跨境交易整体成本。
通常由购买方和销售方根据约定成交方式，承担相应阶段的商品物流运输费用和风险，提供进出境通关资料，办理进出境通关手续。例如，FOB (船上交货价，即“离岸价")成交方式是指当货物在指定的装运港越过船舷，销售方即完成交货，购买方必须从该点起承担货物灭失或损坏的一切风险，销售方办理货物出口相关手续，购买方办理货物进口相关手续。
跨境电商贸易商品也比较多，属于企业生产经营所需商品，通常采用跨境传统贸易商品类似的包装，方便运输途中批量装卸搬运，以及购买方收到商品后按企业自身需求投入使用。商品较多时，通常使用国际航行船舶、陆路车辆等成熟且相对廉价的运输方式，降低跨境交易整体成本；商品较少时，也会使用航空运输方式，提高交货效率。在通关手续上，销售方和购买方在通关上投入的人力和资源有限，销售方委托物流企业办理出境通关手续，购买方配合物流企业办理进境通关手续，实现门到门全程物流配送，减少企业通关成本。
跨境电商零售商品物流方式通常可分为备货模式和集货模式。
在整体流程上，备货模式可分为三个比较独立的流程：商品先办结出口地出境手续，离开出口地关境，经过跨境运输，进入进口地关境，办理进口地入境手续，可称为进境流程；商品进境后存储在进口地仓库，等待被购买，可称为存储流程；商品被购买后，从进口地仓库打包发运配送给购买方，在我国需要办结进口手续，可称为进口流程。
集货模式的商品在出口地被购买后，在出口地打包发运，办结出口地出境手续，离开出口地关境，经过跨境运输，进入进口地关境，办结进口地进口手续，直接投递给购买方，可视为仅有进口流程。备货和集货两种模式的核心区别在于商品被购买时的通关状态：备货模式的商品处于进口地关境，已办理进境手续，准备销售；集货模式的商品处于出口地关境，未办理进境手续，已经销售。
在通关手续上，备货进口模式先办理商品进境手续，验核商品符合安全准入要求，核销运输工具进境状态，确认商品进入进口地关境，通常采取备案制申报方式；商品存储在境内海关同意设立的仓库，按照海关监管规定实施日常管理。接受海关日常监管；商品销售后办理进口手续，验核进口监管证件，确认商品办结进口手续，通常采取报关申报方式，整体流程包括进境、存储、进口三个界限明显的子流程。
备货出口模式办理出口手续，验核商品符合安全准入要求，验核出口监管证件，核销运输工具出境状态，确认商品办结进口手续，通常采取报关申报方式，商品存储在境外仓库，销售配送给消费者，通常不需要办理出口地通关手续。集货模式直接办理进口或出口手续，验核商品符合安全准入要求，验核进出口监管证件，核销运输工具进出境状态，确认商品实际进出境，通常采取报关申报方式。
