(一)跨境运输
跨境运输是国际物流不可缺少的环节。没有运输，要进行国际间的商品交换是不可能的。只有通过运输，按照约定的时间、地点和条件把成交的商品交给对方，跨境贸易的全过程才算完成。而运输过程中，往往涉及多种运输方式和多种跨境物流节点，其运输对接和转运过程中的不确定因素非常多(比如，人工装卸错误，清点错误，多语言交流的误区，货物由于各种原因产生不同程度的损坏等)。而且，跨境电商的运输风险来源于对不同信息源的解读错误及信息错误。首先，比如目的国物流未能提供具体、详细、及时的物流信息，造成客户在未收到订单时焦虑感增加，进而投诉或者取消订单。若订单取消后，由于物流信息的滞后，会极大造成退换货的物流成本增加。其次，由于跨境运输各国国情差异较大，目的国的政治、社会环境等因素对跨境物流的影响也是非常致命的，比如法国、巴西等国经常进行示威、罢工游行。全国上下的行业人员及行业前景都会被冲击，运输几近停滞。所以，跨境运输所面临的风险是跨境从业人员所需要解决的课题。
(二)海关查验与扣货
海关几乎是全球物流运作中唯一无法完全掌控的环节，但是各国海关效率的差异很大。由于货物通常需要快速放行，所以通关手续会影响交付的速度和可靠性，国际快递尤其依赖于通关效率。海关查验是指海关在接受报关单位的申报之后，依法为确定进出境货物的性质、原产地、货物状况、数量和价值是否与货物申报单上已填报的详细内容相符，对货物进行实际检查的行政执法行为。查验目的是检查单货是否一致，检查有无瞒报、伪报和申报不实等走私违规情况。只要不是禁限寄及非法出境物品，政策上支持贸易通关便利化，降低出口平均查验率，推广“双随机”措施，出口海关扣货的概率比较小。
关税及VAT:网络交易的虚拟性使企业享有很大程度的免税环境，各国对在线跨境贸易的消费税或增值税征收存在着较大争议，国际避税手段五花八门，获取税收证据和开展检查都有困难。增值税(ValueAdded Tax,VAT)是如今跨境卖家不可逾越的一道门槛。最先提出的是英国，任何个人和公司在进口商品到英国时，海关会对其商品征缴进口税，包括关税(IMPORT DUTY)和进口增值税(IMPORTVAT)，在eBay和Amazon上没有VAT税号的卖家，可被移除销售权。理由是，一些非欧盟国家的海外贸易商逃避支付英国境内销售增值税，削弱英国本地的在线和实体零售商的业务。而且，直指电商平台，如果不配合进行处理，可被视为对VAT负有连带责任。卖家被要求进行真实、及时、准确的税务申报，如果故意延误、错误或虚假申报，都可能受到英国税务及海关总署(HMRC)对包括货物查封、向平台举报并封账号、罚款在内等不同程度的处罚。在这种政策下，对于已经使用英国海外仓，但没有注册销售VAT的卖家，如果继续销售，将属于非法运营。对于直邮，按规定低于15英镑的货物入关时免交VAT,但一年累计销售额超过7万英镑，则要注册VAT且都要进行申报。卖家的成本上升是必然的，不仅有税，还有代理申请、季度申报等后续税务会计费用。由于税法的复杂性， Amazon 推出了泛欧计划，缴纳8000欧元可包一年的会计处理费用。近期又试点了简化全球销售计划(Simplify Global Selling),Amazon等充当中间贸易商，卖家只需拥有英国VAT,Amazon按照报价购买卖家的库存(客户下单后)，转售给德国、法国、意大利、西班牙等其他欧盟用户。其实，从国际贸易的角度看，和他国做买卖总要有“税”这个问题，关键在于交税的多少，不必纠结于该不该交。在欧洲，根据欧洲的远程销售法(Distance Selling Regulation)，只要货物在欧洲国家销售，超过了该国远程销售免税金额的规定就要按当地VAT税率来缴售后税。VAT销售增值税和进口税是两个独立缴纳的税项，货物销售后，商家可以申请进口VAT退税。目前，Amazon在欧洲五个国家有站点，各地VAT税点分别是英国20%、德国 19%、西班牙21%、法国20%和意大利22%。欧盟正在针对跨境电商贸易的VAT规范统一立法， VAT一个账号通全欧，跨境卖家将按季度统一向欧盟报VAT税。另外，根据中欧世贸项目计划，2021年起所有进入欧盟的国际邮件必须进行电子数据预报关，或取消22欧元的免税额，执行统一的欧盟海关代码。乍一看，赴欧跨境将避税无门，但欧盟单一电商市场的建立将整体利好跨境电商运作。
