在传统的出口流程中，每票货物都要填写报关单，再由海关审核放行。对于大量的跨境电商包裹，逐票申报几无可能。自2014年起，以“9610”海关监管方式开展电子商务零售出口试点，除了企业备案，还历经了两次优化。
第一次，“单核放、汇总申报”。进口和出口、B2B和B2C均未进行区分表述，海关按企业报送的清单进行实时核放，企业则需每月将清单汇总成报关单。
第二次，“清单申报、清单统计”。2015年10月，《中国(杭州)跨境电子商务综合试验区海关监管方案》通过了海关总署的批准，杭州启动了新出口试点办法，对不涉及出口征税、出口退税、许可证件管理且金额在人民币5000元以内的跨境电子商务零售出口货物，企业可以按海关税则“四位”品目简化申报，不再按月汇总报关，海关按清单实施清单统计。大量包裹填写海关编码很麻烦，取消汇总后，简化效果还是相当明显的。另外，在试点城市，小包直发通过“单一窗口”，可降低出口额也便于实现汇总出口退税的落地。
从2012年8月商务部颁布《关于利用电子商务平台开展对外贸易的若干意见》以来，国家多个重要部门相继颁布相应政策支持跨境出口电商的发展。这些政策深入跨境电商的方方面面，大到总体制度、环境建设，例如开展跨境电子商务综合试验区试点，小到跨境电商的具体环节，例如税收、支付、通关、海外仓等方面，为跨境出口电商的发展扫除障碍，创造各种有利条件推动其快速发展。跨境电商扶持政策如表3-5所示。
跨境电商如何操作退税?在全面营改增的推动下，越来越多的上游供方企业有较多的增值税发票可以流转至电商卖家，所以很多卖家可以获得增值税率为13%的增值税发票，从而有条件足额退税。化解出口退税难题，目前最简单的方式是通过外贸综合服务企业“出口退税外包”。中小企业将自己生产的货物名义上销售给外贸综合服务企业，外贸综合服务企业以自营方式出口的货物，可按“分送集报”跨境电商自营出口的规定申报退(免)税。第三方代理出口货物退(免)税实务流程是:出口退税备案-申报一审核一境外收汇一结汇-税款退付一退税清算。
例如，北京版外贸综合服务平台“京贸通”，主要向中小微企业提供融资、通关、出口退税及物流、保险等外贸服务，可提前向入驻企业垫付税费、赊销。在通关操作中，商品可以用北京金隅商贸有限公司的名义完成全国各口岸海关、商检的申报，提升退税效率。通过BBC海外仓或监管仓备货模式，货物申报出口到海外仓，也能获取退税的关键凭证出口报关单，再操作退税。总之，电子化通关、无纸化办税仍是未来提高申报通关与退税效率的关键。
