随着经济全球化的不断深化发展，跨境电子商务行业发展迅猛。作为一门新兴产业，国家一直对跨境电商行业保持着鼓励与支持的态度，相关的税收政策也在不断完善与探索。在政策不断完善的过程中，不仅规范了跨境电商企业的税收征管模式，也解决一些问题带来的不利影响。但是，仍然还有很多问题待解决。
一是退税主体的资格认定流程复杂。据调查，不少商户不具备一般纳税人的资格，不能申请出口退税资格。
二是由于跨境电商的物流运输方式多数采用的是邮政或者国际快递，无法取得货物报关单。这就导致出口退税过程难以进行下去。
三是很多跨境电商的卖家大多未办理对外贸易登记，也没有在外汇管理局备案，因此无法开立外贸结算账户，不允许按一般商品出口结汇。
第四，跨境电商（小规模纳税人）难以取得出口货物采购发票。
解决一般跨境电商（小规模纳税人）出口退税风险的核心是建立跨境电子商务退税机制，应从以下几个方面加以解决。
一是调整跨境电商出口退税资格；
二是加强第三方交易平台管理，规范验证平台准入的基本条件；
三是制定跨境电子商务出口收汇核销制度，以销售清单、报关单、收汇凭证等为出口退税依据，加快各平台信息共享。
税收政策直接影响到跨境电子商务的发展，而跨境电子商务进口涉及到邮政税等税收问题。跨境电子商务出口涉及出口货物增值税和消费税的退（免）税，即出口退税。无论是跨境电子商务进口还是跨境电子商务出口，税收都会导致经营成本增加、利润降低、失去价格优势，最终导致卖家市场竞争力减弱。因此，跨境电子商务的税收风险是另一个不容回避的现实问题。
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