跨境电商发展按照年代划分，主要经历了如下几个阶段。
(1)“金关工程”(20世纪 90年代)。1993年国务院提出实施金关工程，2001年正式启动。金关工程的目标是要建设现代化的外贸电子信息网，将海关、商、外经贸、金融、外汇管理和税务等部门实现计算机联网，用EDI方式进行无纸贸易，全面实现国家进出口贸易业务的计算机化。金关工程留下来的机构和成果，最突出的是海关的中国电子口岸、商务部国际电子商务中心，还有马云的阿里巴巴。(1)中国电子口岸。是金关工程的重要组成部分，是在1998年亚洲金融危机期间，为打击走私和骗汇活动，紧急筹建、逐步发展起来的。海关总署等 12个部委牵头建立中国电子口岸，借助国家电信公网，将外经贸、海关、工商、税务、外汇、运输等部门的进出口业务信息流、资金流、货物流的电子数据，集中存放在一个公共数据中心，企业可以上网办理报关、出口退税、核销、转关等进出口手续。(2)中国国际电子商务中心(CIECC)。成立于1996年，其使命是建立国家“外经贸专用网”，是商务部信息化建设执行机构和技术支撑单位，肩负着推动中国电子商务发展与应用、电子商务国际合作与交流的重任。(3)马云创业(阿里巴巴)。1997年，马云带领团队在北京开发了外经贸部官方网站、网上中国商品交易市场、网上中国技术出口交易会、中国招商、网上广交会、中国外经贸等一系列国家级网站。在国际电子商务中心做解决方案时，逐渐让他有了建立国际电子商务网站的想法。1999年，马云带领18位创始人在杭州的公寓中正式成立了阿里巴巴，创立了阿里巴巴国际交易市场，成为全球领先的小企业电子商务平台，帮助全球小企业拓展海外市场。
(2)网上黄页模式发展阶段(20世纪初期)。随着互联网兴起，有人将传统的纸质黄页搬到了网上，也就是网络黄页。20世纪初，中国电子商务迈入发展阶段，越来越多的企业意识到网络的优势和利益，网络黄页成为继网站建设和搜索引擎后，当时企业应用网络的第三大热点。网络黄页有帮助企业建站和上网功能，又有网络营销和业务推广功能，极大降低了中小企业业务运营成本，提供了与大企业平等竞争的机会，是广大中小企业的优先选择，网络黄页网站飞速发展起来。当时的网络黄页可分为三种形式:(1)电信部门推出的黄页，如中国电信黄页、网通黄页、铁通黄页等。(2)各大门户网站推出的黄页，如新浪黄页、搜狐黄页、网易黄页。(3)专业的网络黄页服务机构，如全球黄页、经贸大黄页、网库黄页。对外贸企业来说，网络黄页推广主要是加人面向全球市场的国家级和世界级黄页目录，以及在目标市场的网络黄页上做广告。中国互联网普及特别是阿里巴巴成立后，这种黄页式国际电子商务服务，成为一种流行的模式。当时很多做外贸的网站，如全球资源、中国制造网、全球市场、慧聪网、ECVV等，基本上都是网上黄页的模式。竞价排名、增值服务、广告、线下服务就是服务商赚钱方法，我们称之为B2B电子商务1.0时代。
(3)网上交易模式发展阶段(2006年以后)2006年中国电子商务交易额突破万亿元大关。该年11月国家邮政与阿里巴巴签订电子商务战略合作框架协议,双方在电子商务信息流、资金流、物流方面达成长期战略合作伙伴关系。在信息流和资金流的电子化之后，物流电子化逐步成为现实，电子商务也由城市逐渐渗透到农村，这些都预示着电子商务2.0时代的到来。2008年是中国经济和电子商务发展历程中的转折年。电子商务1.0时代步入尾声，电子商务 2.0时代拉开帷幕。电子商务1.0时代,平台服务商的主要盈利来源是信息费、推广费、广告服务。而电子商务2.0时代，盈利模式已转向交易佣金、互联网金融和网络配套服务等方面。在电子商务2.0时代，企业做跨境电商，有两种途径:一种是平台电商模式，可以在第三方平台上建立网店门户，目前中国知名的跨境平台有亚马逊、eBay、阿里巴巴速卖通、敦煌网等。另一种是独立电商模式，可以构建自己的品牌，搭建自己的网站并推广，做独立电商，如兰亭集势、大龙网等。
(4)外贸综合服务平台模式发展阶段(2010年以后)。2010年11月，阿里巴巴收购深圳达通，形成了从“外贸资讯”到“外贸交易”一站式外贸服务链条。此外，典型的外贸综合服务平台还有宁波世贸通等，为客户提供包括融资、运输、保险、仓储、外贸单证制作、报关、报检、口岸通关、核销、退税等一体化的外贸操作服务。近年来，中国外贸进出口遭遇寒流，呈现逐步回落态势。国务院于2013年7月出台促进外贸发展，提高外贸便利化水平的“国六条”，支持外贸综合服务企业的发展，为中小企业出口提供融资、通关、退税、物流、保险等外贸服务。外贸综合服务平台的兴起，是我国外贸业务模式的创新。通过外贸综合服务企业提供进出口环节相关服务，降低了中小外贸企业的经营成本，对促进外贸转型具有的积极意义。
