我国跨境电商行业虽发展迅猛，但毕竟成型时间较短，还有诸多尚待优化完善的内容；再加上传统外贸企业自身在思维、管理、人才、产品等方面的滞后，造成传统外贸企业转型跨境电商的过程中出现了诸多问题。
1.对前期问题认知不足
近两年跨境电商的迅猛发展使其成为一个巨大的风口，吸引了众多参与者，这使得很多传统外贸企业在没有充分了解跨境电商的情况下就盲目跟风转型。结果，由于不熟悉跨境电商的运营流程、市场现状和竞争格局，很多传统外贸企业既无法跟上跨境电商行业的运作节奏，也无法敏锐感知和预判可能的风险，自然也就很容易导致转型失败。
同时，多数传统外贸企业的转型都是被动的，是为了摆脱传统外贸行业衰退的窘境，这使企业常常对转型后的发展缺乏明确的构思和规划。因此，传统外贸企业转型做跨境电商，首先需要明确自己的转型只是一次试水和经验积累，还是真正想深耕跨境电商领域，实现从线下到线上的转移。
只有在前期对跨境电商有了深人的认知，对转型后的发展目标有着明确的规划，才能在转型中保证企业内部组织结构的契合性和转型方向的准确性，才能在转型后快速适应跨境电商的运营节奏，及时感知和规避可能的风险。
2.企业内部管理科学性不强
企业内部管理包括两部分：一是对物的管理，如仓库管理、营销管理、财务管理等；二是对人的管理，主要是处理企业内部成员之间的关系。从我国现实情况来看，大部分传统外贸企业都是中小型的家庭式或家族式企业，在各种血缘私人关系的束缚下，企业内部的管理一般都比较松散，科学性很差。
具体来看，这些传统外贸企业对物的经营方式较为散乱，阻碍了企业资金、物资、信息等高效顺畅的流通运转，造成企业内部资源难以优化配置和高效利用；对人的管理方式的不科学使员工不能真正理解转型跨境电商的必要性、紧迫性和重要性，无法适应跨境电商全新的业务运作模式，从而导致企业在人力资源方面无法与跨境电商的运营要求相匹配。
