在缺乏有效信用体系的网络交易环境中，第三方支付模式的推出，在一定程度上解决了网上银行支付方式不能对交易双方进行约束和监督、支付方式比较单一，以及在整个交易过程中货物质量、交易诚信、退换要求等方面无法得到可靠的保证和交易欺诈广泛存在等问题。总体来看，第三方支付的优势主要体现在成本优势、竞争优势与创新优势这三个方面。第三方支付机构降低了政府、企业、事业单位直连银行的成本，满足了企业专注发展在线业务的收付要求。第三方支付机构的利益中立，避免了与被服务企业在业务上的竞争。第三方支付机构的个性化服务，使其可以根据被服务企业的市场竞争与业务发展所创新的商业模式，同步定制个性化支付与结算服务。具体来说，其优势主要表现在以下几方面。
首先，对商家而言，通过第三方支付机构可以规避无法收到客户货款的风险，同时能够为客户提供多样化的支付工具，尤其是为无法与银行网关建立接口的中小企业提供了便捷的支付平台。
其次，对客户而言，不但可以规避无法收到货物的风险，而且货物质量也在一定程度上得到了保障，增强了客户网上交易的信心。
最后，对银行而言，通过第三方支付机构，银行可以扩展业务范畴，同时节省为大量中小企业提供网关接口的开发和维护费用。
可见，第三方支付模式有效地保障了交易各方的利益，为整个交易的顺利进行提供了支持。使用第三方支付，用户的信用卡信息或账户信息仅需要告知第三方支付机构，而无须告诉每一个收款人，大大减少了信用卡信息和账户信息失密的风险，安全性得到了保证。同时，第三方支付机构集中了大量的小额电子交易，形成规模效应，因而支付成本较低。对支付者而言，他所面对的是友好的界面，不必考虑其背后复杂的技术操作过程，使用较为方便。
除了以上优势，第三方支付也有其缺点，具体如下。
(1)资金风险问题。
在第三方支付流程中,资金都会在第三方支付机构滞留即出现所谓的资金沉淀，如缺乏有效的流动性管理，则可能存在资金安全和支付风险。同时，第三方支付机构开立支付结算账户，先代收方的款项，然后付款给卖方，这实际已突破了现有的诸多特许经营的限制，它们可能为非法转移资金和套现提供便利，形成潜在的金融风险。
我国相关监管制度规定,第三方支付机构只能在一家银行开立备付金专用存款账户，且不得另外在其分支机构开设备付金账户;禁止第三方支付机构以任何形式挪用客户备付金，并要求其按照备付金专用账户的利息总额计提风险准备金。因此，我国目前由第三方支付带来的资金风险已有所降低。
(2)信用风险问题。
第三方支付的健康发展取决于第三方支付机构对金融风险的控制，而信用管控体系是风险管理的基础。第三方支付是以信用为媒介的一种交易方式，之所以出现众多风险，主要原因如下。①征信信息化水平低下。我国目前依赖的人工智能的数据收集技术并不完善，通过缺乏深度和广度的数据不能准确评估个人信用水平。②信用评价机制与审查机制还处于初级发展阶段。
(3)业务革新问题。
由于支付服务客观上提供了金融业务扩展和金融增值服务，其业务范围必须明确并大胆推行革新。相对于单纯的网上支付，移动支付领域将有更大的作为，第三方支付机构能否趁此机遇改进自己的业务模式，将决定第三方支付最终能否走出困境、获得发展。
(4)恶性竞争问题。
第三方支付行业存在损害支付服务甚至会给电商行业的发展带来负面冲击的恶意竞争问题。国内专业的第三方支付机构已经超过40家，而且多数第三方支付机构与银行之间采用纯技术网关接入服务，这种模式容易造成市场严重同质化，也挑起了第三方支付机构之间激烈的价格战，导致这一行业“利润削减快过市场增长"。惯用的价格营销策略让第三方支付机构面临利润被摊薄的风险。
