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开展出口退税业务的跨境电商企业，完成退税申报后要按时做好单证备案工作。企业需要整理购货合同、装货单、运输单据三类核心资料，编制备案单证目录并留存保管。原始单证难以获取时可使用等效替代资料，相关资料保管期限为五年，未合规备案且无合理情形的货物，无法办理退税，只能适用免税政策。

办理出口退税的跨境电商企业需要进行单证备案。跨境电商出口企业应在申报出口退税后15日内，将所申报退税货物的下列单证，按申报退税的出口货物顺序，填写“出口货物备案单证目录”，注明备案单证存放地点，以备主管税务机关核查。

一：外贸企业购货合同、生产企业收购非自产货物出口的购货合同，包括一笔购销合同下签订的补充合同等。

二：出口货物装货单。

三：出口货物运输单据（包括海运提单、航空运单、铁路运单、货物承运单据、邮政收据等承运人出具的货物单据，以及出口企业承付运费的国内运输单证）。

若有无法取得上述原始单证情况的，出口企业可用具有相似内容或作用的其他单证进行单证备案。备案单证由跨境电商出口企业存放和保管，不得擅自损毁，保存期为5年。未按规定进行单证备案（因出口货物的成交方式特性，企业没有有关备案单证的情况除外）的出口货物，不得申报退税，适用免税政策。

简单来说，单证备案是跨境电商办理出口退税不可忽视的合规环节。企业要把控好 15 日备案时限，备齐合同、装货单、运输单据三类资料，资料妥善存放保管满 5 年。遇到取不到原始单据的情形可使用等效凭证替代，若未依规完成备案又无正当理由，对应货物将无法退税，只能适用免税，企业务必重视，避免产生财税损失。