抵达日本的外国货物将被带入保税区，直到完成进口程序为止。日本的清关大类分为两种。
第一类，通常当货物到达时，航空公司或船运公司向进口商发出到达通知，以表明货物已经到达。进口商将货权提单、国际贸易合同、申报清单、必要证明等文件进行整理后，向管辖保管货物的保税地区的海关官署申报进口。
进口申报正式提交后，海关对进口申报的货物进行文件审查。对于需要检查的货物，在进行必要的检查及确认缴纳关税等税款后，允许其进口。进口商向保税地区负责人展示进口许可证后，就可以从保税区提取货物。这一系列程序就是进口清关程序。
进行海关检查的目的是防止对社会有害的商品流入，维护贸易秩序并确保适当征收关税。具体而言，海关主要从以下四个方面去判断进口申报书的内容与实际产品的一致性：
(1)是否有禁止进口的商品，如兴奋剂、麻醉品、手枪和其他对社会有害的商品，以及假冒品牌和其他侵犯知识产权的商品。
(2) 从食品卫生、植物流行病等角度来看，如果该货物需要除海关相关法律以外的法律法规要求的进口许可、批准等，需要核实其是否具有规定的许可、批准。
(3) 是否有任何迹象表明原产地是假的或错误的。
4)是否提交了正确的纳税申报表。
若涉及海关以外的法律法规，则应向具有管辖权的政府部门和机构索取相关的许可、批准。海关在核实该货物遵守了相应法律法规后，才会确认其进口许可。
此外，对于通过互联网邮购等方式输入的单个进口，同样需要执行进口清关程序。
第二类，跨境电商货物。针对亚马逊平台的货物，以及未在日本本土有真实贸易行为的进口商(简称空壳公司)，在货物输入日本进口申报时，海关会以纳税不足或纳税申报不正确为由，直接判定必须按照“关税定率法第4条”(俗称逆算法)进行纳税申报。
根据逆算申报的方式计算，最终得到的申报货值会高出正常国际贸易申报货值的1~1.5倍。申报货值取值的公式为：
申报货值=(商品链接销售价-日本清关费用-FBA平台佣金、仓储费、派运费)÷(1+关税税率)÷1.1
以此可得到海关认为正确的“申报货值"，然后再按照商品关税、消费税及地方消费税进行纳税。
