内部审计是建立在公司内部(组织)的独立的评价职能。内部审计的范围包括对公司(组织)内部控制系统的适当性、执行的有效性、工作效果进行评估和评价。
对内部审计来说，更偏重于审核在关务方面是否存在有效的控制系统，这些控制系统能否保证：
①对外申报和对内报告或记录的信息的可靠性和完整性；
②是否符合当地的政策和法规，符合公司内部程序和政策；
③资产的安全，如货物在关务方面是否有漏洞；
④关务部门的预算和资源使用是否有效和经济；
⑤关务部门是否实现自身所订立的计划和目标，是否协助其他业务部门有效实现经营目标。
因此，内部审计可能更偏重关务方面的内部控制，而非关务的日常作业。比如，外发加工的控制系统应该确保外发货物的安全、外发业务的合规性，而对关务部门而言，则是要有一套制度保证涉及保税业务的外发能获海关的批准，并准确记录外发的收发存信息。
外部审计是注册会计师对企业(组织)的会计报表、其他资料及其反映的经济活动进行审查并发表意见。一般的外部审计均为会计报表审计，注册会计师的审计意见包括：合法性，即会计报表的编制是否遵循了企业会计准则和其他有关财务会计法规的要求；公允性，即报表的所有重大方面是否公允反映了被审计单位的财务状况、经营成果和现金流量；一贯性，即会计处理方法的运用是否符合一贯性原则的要求。
外部审计对关务方面的关注，可能在于影响会计报表的事项，如关税和增值税，即税款支付的真实性和完整性，是否有潜在的漏缴关税和增值税情况。
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