与普通的电子商务相比，跨境电商的支付环节还需要经过付汇环节。而支付平台想要具备付汇功能，必须取得国家外汇局颁发的互联网跨境支付牌照。付汇环节必须确保个人交易订单的真实性。当消费者在电商平台上完成支付后，支付平台会产生相应的支付信息，此时该支付信息必须单独发往海关部门接受审核，这需要支付平台与海关检验系统实现对接。
支付平台是跨境进口电商平台上完成支付环节的核心模块，所以传统企业选择一个被广大消费者普遍认可，并具备跨境进口贸易支付资质的支付平台就显得十分关键。目前，中国市场内主流的支付平台包括支付宝、微信钱包、财付通、银联、快钱等，而且随着跨境进口电商市场的不断发展，会有越来越多的支付机构将开通跨境支付服务，未来，传统企业可以选择的支付平台将会越来越多。
跨境电商平台与支付平台进行对接的具体流程主要包括:电商平台选择满足自己需求的支付平台并与之建立合作关系，而且该支付平台系统与海关系统已经实现无缝对接，当消费者下单并支付后，支付平台将支付信息发送给海关系统。
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