1.双抬头海关缴款书抵扣
国税发[1996]32号《国家税务总局关于加强进口环节增值税专用缴款书抵扣税款管理的通知》规定：
(1)对海关代征进口增值税开具的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即既有代理单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。
(2)申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。
2017年2月13日增加缴款单位信息比对后，对于双抬头缴款书，由于只准显示一个企业的纳税人识别号，因此对于委托方来说由于不是直接向海关缴的，而是由代理方缴纳，那么缴款书上只会显示代理方的纳税人识别号，这利情况下，委托方进项税额采集比对也可能出现比对不符的结果，出现这种情况就需要向国家税务总局申请异常数据核对。
2.异常海关缴款书处理
当出现稽核比对结果为不符、缺联、重号、滞留的异常海关缴款书时，按以下方式处理：
(1)对于稽核比对结果为不符、缺联的海关缴款书，纳税人应当持海关缴款书原件向主管税务机关申请数据修改或核对。属于纳税人数据采集错误的，数据修改后再次进行稽核比对；不属于数据采集错误的，纳税人可向主管税务机关申请数据核对，主管税务机关会同海关进行核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，纳税人登录综合服务平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
(2)对于稽核比对结果为重号的海关缴款书，纳税人可向主管税务机关申请核查。经核查，海关缴款书票面信息与纳税人实际进口货物业务一致的，税人登录综合服务平台查询、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款书信息。
(3)对于稽核比对结果为滞留的海关缴款书，可继续参与稽核比对，纳税人不需申请数据核对。
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