船公司
船公司和货代公司的关系有时是买卖双方，有时又是竞争对手。
在买卖双方这一点上，航空公司与货代公司的性质差不多，可以每个季度向船公司拿舱位卖给客户，也可以直接和船公司签订一段时间的订舱约价，更可以在旺季的时候向船公司预先付钱买下一些舱位，更有甚者是船公司的暗庄。
拿船公司的价格出来，加上自己的利润卖给客户，这个是大部分货代公司的销售模式。按照往常船公司都是一个月更新一次运价(金融危机例外)，所以基本的海运价格也是按照月来调整的。约价，有一定的风险，不管是旺季还是淡季在这个固定约定的时间内，价格是固定的。相对旺季来说，中间潜藏了巨大的利润，而相对于淡季来说，可能利润很少，甚至是负数。买舱位，这大部分发生在旺季，货代公司预感到这个航次的舱位远远不能满足市场的需求，所以预先把钱交给船公司预订好部分舱位，以供自己的客户需求，甚至可以到时高价卖出。
有时，船公司听说是一些大型的、每个月有固定箱量出口的工厂，就会绕过货代公司这个中间环节，直接和工厂去签署一份长期的约价。这个时候船公司就是货代公司的竞争对手了。竟争也是说说而已，因为货代公司和船公司相比价格上要远远处于劣势。只是船公司一般针对的都是特大类型的、每个月箱量稳定的客户，一般是不会直接出来揽货的，否则货代公司的生存空间就会更小。
铁路运输
相比做海运、空运的货代公司，做铁路运输的货代公司就少了很多，因为针对的客户群比较有限，一般铁路运输都是去中亚、俄罗斯这些不靠海岸的内陆国家。货代公司和铁道部的合作形式也会比较简单，基本就是按照路程的远近确定固定的价格比进行销售，操作模式和海运整箱的模式差不多。有一个区别：铁路运输集装箱的小箱需要配对，去一个地方必须至少要两个20GP的柜子，一节车厢的长度是一个40GP的长度。总结起来就是20GP的小柜子需要成双数出运。货代业务员也就多了一个工作，需要帮助一些单个柜子的发货人找寻与之配对的箱子。
