随着跨境电商的不断发展，行邮税的漏洞日趋显现出来，并影响到了国家税收及财政收入。“拆单”“分包”等方式是规避正常税负的常用手段。部分外贸企业会利用这样的政策漏洞将一般货物贸易转移到网上交易，并按照规定限额进行分割，以达到逃税、避税的目的。
另外，行邮税也具有不公平性。一是跨境电商与传统货物贸易相比，所负担的税收成本要低于传统货物贸易，导致其在价格上有了更大的空间。传统货物贸易处于劣势，跨境电商成了未来跨境贸易的必然趋势。二是销售商品受到增值税的影响，境内商品要交17%的增值税，而跨境电商却不用考虑这些。三是受到行邮税试点城市政策的影响，只有部分城市享受行邮税试点政策，使得地区间产生不公平竞争，从试点城市到非试点城市的物流调运往往增加了物流成本，使其价格上的竞争力受到了不小的影响。
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