随着跨境电商行业蒸蒸日上，再加上人民币国际化进程不断加快，人民币跨境支付业务不在少数，各种支付系统累积的风险也不断增加，具体面临的风险有如下几个方面：
（1）流动性风险，可是说是大规模汇款中因利润问题存在的风险。企业的跨境经营往往会伴随着大量资金的出入，而人民币汇率是可以根据时间和地点变换的，这就很有可能导致企业的亏损，耽误钱币的用途。
（2）信用风险，由于地理原因、信息不畅、交易习惯等原因，在交易中延迟净额结算系统中发生的概率较大。此类结算时周期性的，可能会发生在净额结算前参与者就已经失去履行债务的能力的情况。若支付系统未有特别安排，则风险只能自行承担。
（3）操作风险，这个风险不在于跨境与否，而存在于任何一次支付中。可能产生是在支付过程中因参与者操作失误或外界因素是支付系统终端，导致支付失败的风险。
（4）业务风险，这就关于各公司负责运营的支付系统，若支付系统无法正常运行，则有公司自身负责所受的业务风险。
（5）贷款风险。之前发生过多起内保外贷违规案例，有些境外人员在境内银行开设账户，用于准备资金，但跨境人民币贷款风险更大，不仅在于借款企业的信息难以掌握，还在于跨境支付的频率与资金规模难以估计，所以境外机构不倾向于将大量资金进行交易。
不过人民币跨境支付系统正日益更新，人们也有了更多防范意识，制定了许多关于风险的法规用于保证资金使用的合规。对于个人而言，更应该在最大限度获得利益的同时，规避其所带来的风险。
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