跨境支付是决定跨境电商发展的关键，没有良好的支付收款通道，跨境电商创业及发展都会面临巨大风险，甚至会突遭毁灭性打击。目前跨境电商收款方式主要有以下几种。
(一) 境内卖家银行账户直接收款
境内卖家银行账户直接收款是指跨境电商平台与境内卖家开设账户的网上银行直连，境外买家通过平台对接的境外银行或者支付机构的入口进行支付，货款直接到达卖家的网上银行账户的一种方式。视境内卖家绑定的账户不同，货款可能进入卖家在境外银行开立的境外外汇账户、在境内银行开立的经常性外汇账户或是在获得由中国人民银行批准进行人民币跨境支付业务许可的银行开设的人民币账户。这种模式与传统的外贸企业收款模式并无本质区别，电商平台需要分别对接不同的境内银行和境外合作银行并取得其网银系统的授权。
(二) 通过第三方支付机构通道收款
通过第三方支付机构通道收款是指境内卖家通过跨境电商平台绑定的第三方支付机构为通道进行跨境收款。第三方支付机构是指根据中国人民银行《非金融机构支付服务管理办法》的规定取得《支付业务许可证》在收付款人之间作为中介机构提供全部或部分货币资金转移服务的非银行机构，如支付宝、微信等。
这种模式背后的资金流和信息流颇为复杂，简言之，即第三方支付机构在对应的银行有一个专用的备付金账户，境外买家付款后，货款先到达第三方支付机构的专用备付金账户，等买家确认收货之后，第三方支付机构再从备付金账户中打款给境内卖家的账户。例如，阿里巴巴在开发的速卖通平台上绑定了第三方支付机构——国际支付宝。
通过第三方支付机构通道收款解决了跨境电商平台单独对接各银行的难题，降低了平台开发成本以及平台使用费率，为用户提供了更加友好的跨境支付操作界面，而且可以在买家和卖家的交易中发挥货款监管的作用。因此，通过第三方支付机构通道收款是目前大多数跨境电商出口平台上境内卖家使用的收款模式。
(三) 跨境电商平台全球收款服务
跨境电商平台全球收款服务模式的典型是跨境电商平台亚马逊2018年上线的“全球收款服务”，卖家无须开设外国银行账户或第三方支付机构账户，即可“使用您的本地货币接收全球付款，直接存入您的国内银行账户”(Receive your global payments in your local currency，directly into your local bank account)。这种模式实际上是跨境电商平台为卖家提供综合的收款和结汇服务。其资金的流转过程不外乎是上述两种之一或者结合。但目前这项服务收取的平台使用费较高，同时也可能涉及跨境支付业务试点的市场准入资格和平台资金沉淀合规风险问题，所以该收款服务尚未得到普遍应用。
