应用模式指的是跨境电子商务从商业模式、技术方案、组织管理等方面考察业务流程的优化程度、内容的创新、服务的创新、组织模式的创新，以及不同应用模式的运行是否有效，与经济和社会发展水平的适应程度等。
跨境电子商务的实施从某种意义上是围绕着企业销售领域的应用展开的。这种应用涉及国际贸易链上的多个环节，如成交、货物交付、支付、行政审批、货物通关环节等，其应用模式多种多样，从各个角度都可以对无纸贸易的应用模式进行探讨。
目前，我国跨境电子商务的应用模式可以做以下分类。
1）从交易内容看
跨境电子商务的应用模式按照交易内容可以划分为以货物买卖为主的应用模式和以服务贸易为主的应用模式。前者侧重货物所有权转让的交易情况，其无纸贸易的应用涉及传统贸易链上的各个环节，如交付货物、支付货款、行政审批、货物通关等。后者则侧重以服务为主要内容的应用。与传统的货物买卖不同，服务主导的应用模式更多地偏重服务的提供。而实际上，有关跨境电子商务的许多创新都集中在服务贸易上，虽然网络不能代替实际交付，但是可以对服务方式、服务内容等各方面进行提升，甚至改变传统的服务内容和服务方式。经济体的服务贸易越发达，以服务为导向的应用就越成熟和普及，有关的创新也会越来越多。
2）从技术实现角度看
跨境电子商务的应用模式按照技术实现角度可以划分为专网应用模式、开放互联网应用模式及移动商务模式。专网应用模式是无纸贸易最早的应用模式。无论发达国家（如美国、日本），还是新兴发展的亚太经济合作组织经济体国家（如新加坡、韩国），其无纸贸易的实施都经历了专网应用模式。专网应用模式商业数据传输的实现主要靠对应性极强的封闭型EDI技术，网络的基础设施相对也比较封闭。该模式可以避免许多协调成本，具有较强的安全性，但实施成本非常高，其中包括建立标准和建设大量的网络基础设施。后来发展起来的开放互联网应用模式则摆脱了原来封闭孤岛型的信息交换体系，从高成本的专网模式走向了开放的低成本互联网应用模式。移动商务模式则是在开放互联网应用模式的基础上向微型化、方便化发展的新方向，企业销售人员的流动性已经无法阻碍无纸贸易的应用。
3）从应用领域看
跨境电子商务的应用模式从应用领域可以划分为行政应用模式、海关通关模式及跨境交易模式等，有些经济体的无纸贸易偏向于行政应用模式，如新加坡和韩国；有些经济体的无纸贸易应用偏向于海关通关模式，如中国香港等。另外，许多经济体（包括中国等）都在探讨跨境交易模式，因为无纸贸易的发展最终要建立起全球跨境的交易体系和交易平台，无缝实现商业单证和商业信息在跨境范围内的有效传输。在发达经济体内，一般跨境的贸易单证的传输主要依靠行业和大型跨国公司的内部网络服务体系。通常，跨国公司凭借着其特有的优势地位，让许多中小企业依附于其贸易链网络。目前，跨境交易的实现主要依靠各国的网络增值服务商所提供的服务来实现，但这需要各经济体的政府彼此合作，因为这种跨境的应用需要标准、利益等方面的有效协调才能实现。
